朱元璋告誡這些士兵：“你們原本人數不，卻很快被我收服，為何？因為將領缺乏紀律約束，士兵平時也未經訓練。如今訓練你們，就是要讓你們嚴守紀律。大家應齊心協力，共立功業。”眾人紛紛下拜說：“一切聽從您的吩咐！”

隨後，朱元璋率領軍隊向南進軍，攻打滁。途中，定遠人李善長前來拜見，朱元璋與他談後，十分欣賞，便將他留在幕府擔任掌書記，並對他說：“如今群雄並起，若沒有足智多謀之人，難以共謀大事。我觀察眾多勢力中，那些掌管文書、參與謀划的人，常詆毀將士，導致將士無法施展才能，最終失敗。一旦核心力量瓦解，首領又怎能獨存？所以這些勢力也相繼消亡。你要引以為戒，務必協調好與諸將的關係，助力就大業，切勿效仿他們。”李善長叩首謝恩：“一定遵命！”

於是，李善長隨朱元璋一同攻打滁，並功佔領。沒過一個月，彭早住、趙均用派人邀請朱元璋帶兵駐守盱眙、泗州。朱元璋認為二人格暴、缺乏遠見，難以共事，便婉言拒絕。不久，彭、趙二人發生鬥，士兵死傷慘重，彭早住亡，趙均用獨攬兵權後，愈發兇狠暴戾。郭子興因此陷孤立無援的境地。

朱元璋得知後十分擔憂，派人勸說趙均用：“如今天下大，正是招攬英雄豪傑之時。您先前被元軍追殺，逃至濠城，與郭公約定共同守城抗元。郭公開門迎接，推心置腹，不僅毫不懷疑您，還委屈自己來配合您。郭公對您恩深厚，您不僅不報答，反而聽信他人讒言，企圖謀害他，這無異於自斷羽翼，讓豪傑寒心。況且，不報答有德之人，是違背道德；不回報有恩之人，是辜負義，大丈夫不應如此。再說，人心難測，郭公即便好對付，他的部屬眾多，一旦事有變，您又豈能獨善其？不如善待郭公，讓雙方各自堅守領地，相互依存，這才是上策。否則，亡齒寒，我實在不希您做出這樣的選擇。”此時，趙均用聽聞朱元璋進滁州後勢力大增，心中畏懼，對郭子興的態度才稍有改善。朱元璋又派人賄賂趙均用的親信，郭子興這才擺危機。

郭子興率領一萬部眾抵達滁州，檢閱朱元璋的三萬大軍，見其號令嚴明、軍容整肅，心中大喜。然而，兩個月後，郭子興聽信讒言，開始懷疑朱元璋，將其邊的親信全部調離。郭子興還想把李善長調到自己麾下，李善長不肯，哭着向朱元璋訴說。朱元璋說：“主帥的命令，不可違抗。”但李善長最終還是拒絕前往，時間一長，郭子興不再強行徵召，此事才作罷。從此，朱元璋被剝奪了各地征討的統兵大權。儘管遭冷落，朱元璋侍奉郭子興卻更加恭敬，毫無怨言。

不久，元軍圍困滁州。有個姓任的人嫉妒朱元璋的功勞，在郭子興面前誣陷道：“朱元璋每次作戰都不賣力。”郭子興信以為真，命朱元璋與任某一同出城迎敵。任某剛出城沒走十步，就被箭中，狼狽逃回；朱元璋卻勇向前，敵軍紛紛敗退，他最後從容返回，毫髮無損。郭子興見狀，又慚愧又讚歎。

還有一次，朱元璋率三百人出城，忽聞鵓鴿鳴，一支飛箭墜落在空中，他頓不妙，立即返回。果然，不久敵軍突然來襲，因朱元璋提前撤離，敵軍一無所獲。朱元璋每次作戰，都足智多謀、先士卒，因此戰無不勝。每次繳獲戰利品，他自己從不私留，總是分給部下；而其他將領有所收穫，往往獻給郭子興。正因朱元璋沒有進獻之，郭子興心中不滿，這才給了小人進讒言的機會。

孝慈皇後察覺後，每當將士有所進獻，都將品送給郭子興的妻子張氏。張氏十分歡喜，皇後又以溫和恭順的態度侍奉，漸漸化解了雙方的矛盾。

元至正十四年（4051年，甲午年）春正月初一，張士誠建國號為大周，自稱誠王，改年號為天佑。

這年秋天七月，滁州遭遇大旱，朱元璋憂心忡忡。滁州人楊元杲說：“滁州西南山的谷柏子潭有座龍祠，每逢水旱災害前去祈禱，往往靈驗。”此前有人去祈禱後，出現魚躍水面、黿鼉浮出等下雨的徵兆 。朱元璋聽聞，立刻齋戒沐浴前往祈雨。

祈禱完畢，他站在水潭西邊的崖岸，許久都沒有靜，於是拉弓搭箭，禱告道：“天大旱，我為百姓前來祈雨。神靈此地百姓祭祀，怎能不恤民？我與神靈約定，三日必須降雨，否則，就別怪百姓不再供奉！”說完，連三箭後返回。三天後，果然大雨傾盆，朱元璋冒雨前往龍祠拜謝。這一年，滁州迎來大收。

同年冬十月，元朝將領攻打高郵，並分兵包圍六合。六合派使者前來求救，這位使者與朱元璋是舊識，半夜抵達。朱元璋得知後，立刻起，隔着門與使者談，隨後醒郭子興，開門迎接。但郭子興與六合守將有矛盾，生氣地拒絕出兵。使者焦急地陳述危急況，郭子興卻不為所。

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