工部所轄的事務極其繁雜，而且所涉及的錢糧數額也是十分之巨大的，這點朱載坖和重臣們都是很清楚的，所以他們也認為應該加重工部的職權，同時將部分職權從工部的劃出，重新立新的部門來管理，朱載坖認為工部的主要職能應該是建設上來，不管是水利通還是城市和基礎設施建設，都是工部的主要職能。

而其他的職能，則是應該專門設立新的衙署來進行管理，按照朱載坖的這個看法，原來工部的下屬部門如之前立的都水監、通總署等衙門仍舊予以保留，作為工部本衙的直屬機構，同時恢復將作監作為工部本衙的管理機構，將工部原有的負責兩京城市建設的街道廳職權予以擴大，負責大明的城市基礎設施建設，同時併將作監中。

按照唐宋之制，將作監的職權範圍是很廣的，按唐制：“監二人，從三品；監二人，從四品下。掌土木工匠之政，總左校、右校、中校、甄等署，百工等監。大明、興慶、上宮，中書、門下、六軍仗舍、閑廄，謂之作；郊廟、城門、省、寺、台、監、十六衛、東宮、王府諸廨，謂之外作。自十月距二月，休冶功；自冬至距九月，休土功。凡治宮廟，太常擇日以聞。”

主要是負責宮室的營建和工匠的管理，還有部分軍生產和朝廷營工場的管理職權，不過這些職權朱載坖不會賦予給將作監，將作監現在的主要職能就是負責基礎設施的營建和相關工匠的管理，組織進行大型基礎設施的建設，同時審批、監督地方的工程營建等事項。

而工部也就由本衙和將作監、都水監、通總署構，負責大明的工程營建和水利、通、基礎設施等建設事項，恢復虞部的建制，原本的虞部是尚書工部的一個下屬機關，主要負責山林川澤政令。虞部負責全國礦冶開採許可審批，監督伐木、捕獵等自然資源的合理利用。據《周禮》職系傳承，其職能包含劃定獵區時限、管理皇家苑囿植被養護，並協同戶部徵收山澤稅賦。

現在大明的礦冶開採發展速度很快，不僅僅是朝廷所建設的大型廠礦等設施，民間的各種礦冶也在飛速的發展當中，所以朱載坖決定恢復虞部的建制，以虞部負責管理整個大明的營廠礦和礦冶事務的管理，負責對於民間礦冶開採的管理和審批，同時規劃營大型礦冶工場的建設和管理，在其下設立製造總署，負責管理朝廷的各個營工場，除了軍事工業歸軍監管理之外。

由於商業現在的重要，朱載坖認為應當專門設立機構管理商業，不僅僅是徵稅，更重要的是制定工商業發展和政策，與外國的商業條約的商定等事務，所以新設商部，下設保惠、平均、通藝、會計四司及司務所，負責大明商業和對外貿易的管理，與榷征總署、海關總署一道管理貿易事務，制定各種有關商業的政策、法令等。

對於吏部和兵部，則相對調整不大，主要是對於設機構的調整，對於吏部而言，主要的職責就是對於外文職吏進行選拔、任用黜陟，其職權是相對穩定的，除閣大學士、尚書、都史等由廷推或奉特旨外，外百皆由吏部會同其他高級員推選或自行推選。設尚書一員，左、右侍郎各一員。

但是為了更好的管理大明日益龐大的員隊伍，將原本的流外銓選院降為流外銓選總署，負責對於中外吏員進行考選，同時立流銓選總署，對於員進行考核、選拔，原有的文選和考功兩司也就併流銓選總署，兩個總署由左右侍郎執掌，直接對吏部尚書負責，同時原來的驗封司、稽勛司仍舊不變。

而對於兵部，也一樣是要對於設機構進行調整，以適應兵部本的職權變化，原本兵部有職方司，現在兵部不再負責軍令制定和傳達了，所以原本的職方司也予以取消，兵部除了本衙之外，主要的附屬機構就是主管馬政的太僕寺，主管郵驛的郵政總署和主管軍生產的軍監，這三個部門仍舊歸兵部負責管理，這點不變。

但是兵部作為軍政機關，還要負責兵員徵集、退伍和糧秣軍餉的保障等事項，所以在兵部本衙增設員、薪餉、糧儲三司，負責士卒徵募和軍餉、恤、軍儲糧秣、軍彈藥等的儲備與轉運等事項，為朝廷貨真價實的軍政機關。

這樣一來，朝廷就形的新的行政制，將原本的六部擴充為九部，增加學部、虞部和商部，同時三院制也予以完，即都察院、大理院、司農院，九部三院就為了外廷行政機構的組部分，而在廷，除了侍機構之外，就是六科、翰林院、翰林醫院、文思院、格院、府監等衙門，都是直屬於皇帝的，並不是外廷行政機構。

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