在朱載坖的支持下，張居正以漕運為抓手，開啟了改革的大幕。

同時張居正還奏請朱載坖，提前舉行大計，而且張居正這次奏請的大計和以往的大計是有所針對的，張居正向朱載坖詳細陳述了自己的策略，張居正這次奏請的大計，是專門對於大明各布政使司的賬目進行清查，釐清布政使司的詳細開支，同時對於大明的財政進行第一步的改革。

張居正認為，以往大明的財政收支過於籠統，大明的賦稅，由地方州縣徵收而來，除了由朝廷直接管理的海關、鹽稅、鈔關等收之外，其餘地方的田賦、各種土產、上供等，都是由州縣解運至太倉，這部分被稱為起運錢糧，而剩餘的留在地方供地方府日常開支的，被稱為留存錢糧，是固定比例的，三留存，七起運。

這樣顯然是不合理，存留是指一部分賦稅留於地方，用作常規支出。 該項錢糧分別儲存於司、府、州縣、衛所倉庫。用於地方府的日常開支，而這也就是造地方府困頓的一個主要原因。

朝廷將將大部分賦稅定為起運，並且不許拖欠， 其支出也由戶部親自把關，而地方府能夠支配的錢糧就極為有限了，而朝廷對於地方府也大部分時候於一種被嚴厲控制的況下。

這些留存錢糧，由司、府、州、縣 長主管。此外，賑濟、營建、水利等非常規支出， 若支存留錢糧要事先請示朝廷，地方府不得擅支。存留雖用於地方支出，但朝廷也實行必要的控制。常規支出要按朝廷的規定進行非常規支出則事先奏請，事後層層報戶部， 接審核。

朝廷對於地方府控制的太嚴、太死，直接導致的後果就是地方府採取種種手段，增加額外收，加派，甚至於橫徵暴斂，從百姓手上刮地皮，搞上有政策，下有對策那一套嘛，被稱為羨餘引，這是地方府獨立支配的小金庫，是各地起運以外的、諸項收人用於常規支出後的結餘，主要是正額稅外的賦斂 。

朝廷對於這些收的來源、去，其實是很難掌握的，據左都史海瑞、總督倉場戶部尚書王國等人的奏報，地方府的羨餘來源主要有幾個部分構。

其一，存留田賦加耗。地方府為了保證起運錢糧能夠足數解到戶部，在朝廷的正項賦稅之外，還會增加一部分額外的賦稅，稱之為加耗，名義上是為了運輸這些錢糧而徵收的運輸，實則是地方府的斂財之道，遠多於儲、運之損耗。甚至比朝廷的正項賦稅都要高出很多。

其二，就是贓罰銀，也就是地方府在審理案件過程中，依照大明律可以贖刑的，予以收納錢糧贖刑，但是實際上吏們往往藉由案件，敲詐勒索，贓罰之徵雖有法律上的規定，事實上地方往往多征。

其三就是地方的商稅，這個也是屬於朝廷默許的範圍。