在南京禮部的籌備之下，很快就擬定了祭祀孝陵的相關儀注，朱載坖率領南京的文武百和勛臣們，前往孝陵祭祀，朱載坖從孝陵紅券門，降輦由左門，升輿，群臣從由紅券門並金門、陵門之右門進。

朱載坖穿青袍乘板輿到孝陵外東，降輿。在禮部員們引導下向孝陵祭祀。其實和祭祀嘉靖的過程沒任何區別。

導引導朱載坖至殿左門外，典儀唱：執事各司其事，贊引導上皇至拜位，奏就位。

奏詣前，贊引導朱載坖到香案前，奏上香，朱載坖三次上香，跪拜結束。

隨後贊奏複位，奏四拜。傳贊百和典儀唱奠帛，行初獻禮。

後贊引導朱載坖至案前， 奏獻帛，結束後再引導皇上至太祖高皇帝座前，奏獻爵，訖。引導皇上至太祖高皇後座前，奏獻爵，結束後奏複位，奏跪。

傳贊眾皆跪，贊讀祝，奏俯、 伏。傳贊百同典儀唱亞獻禮、終獻禮。執爵者代獻，訖。

贊奏四拜，傳贊百同典儀唱，讀祝捧祝，進帛捧帛，各詣燎位，朱載坖退拜位之東。捧祝帛出殿門，贊奏禮結束。

結束祭祀之後，朱載坖從原路返回，而百們由小旁門退出，守臣下之分。

結束了祭祀之後，朱載坖到了督師衙署之中，從杭州趕來的浙江巡王崇古也趕到了南京，朱載坖於是和隨駕的重臣一道召見了王崇古，朱載坖問道：“聽說浙江的新政，推行的不太順利，是怎麼回事？”

王崇古趕上前請罪道：“陛下，此臣之過也！”

朱載坖擺擺手說道：“朕不是來問罪的，新政推行阻，是什麼原因？”

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