下令暫時封閉江淮地區的尼教寺院，名義上說“待回鶻本土安寧，即令如舊。”實則將其取締。

會昌三年（843年）唐大敗回鶻烏介可汗，詔令在長安及的回鶻及尼寺庄宅錢等，由功德使、史台及京兆府各差點檢收，錢納。

並“敕天下尼寺並令廢罷”，“有司收尼書若象，燒於道”，並令“天下尼師，剃髮，令着袈裟，作沙門形而煞之”，僅京城一地，就有“尼72人死，及在此國回紇諸尼，配流諸道，死者大半。”

兩年後唐武宗大規模“毀佛”，同時取締一切外來宗教，尼教等教徒被勒令還俗，充國家兩稅戶，外國人則送遠收管。

尼教遭此打擊，在中國地之勢開始轉向衰落。

隨着回鶻的西遷，尼教在中國西北一帶卻有了進一步發展，相當興盛。

五代兩宋時期，尼教與佛教道教進一步融合。北宋時尼教攀附道教，崇道的北宋統治者對其十分優容，在今福建、浙江、江蘇、江西和安徽等地十分流行。

南宋時期，東南一帶尼教更加活躍，名目繁多，淮南稱二檜子，兩浙曰牟尼教，福建曰明教等。尤以福建明教為盛。

當時尼教也常被農民用作組織民眾反抗封建統治的工。

貞明六年（920年），後梁陳州人毋乙、董乙以尼教發民眾造反。

後唐、後晉時農民利用尼教進行反抗鬥爭之事亦“時復潛興”。

北宋末年，方臘以明教發農民起義，攻佔七州四十八縣，聲勢遍及今浙江、蘇南、皖南和贛東北。

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