再說皇太極率領八萬大軍，進關後，接連攻克了保安州、應州、靈丘、渾源州、蔚州、赤城、龍門所、萬全、懷安，長城沿線兵的糧餉還能有所保證，進到關的衛所軍，本來生存的依仗是田地，明代中後期，宗室、勛貴、僚通過 “奏討”“投獻” 等方式大規模兼并軍屯土地。如嘉靖年間，順天等八府軍屯被占達 40%，萬曆年間大同鎮屯地 “十去其五”， 士兵失去土地後淪為佃農，甚至逃亡為流民。如宣府鎮在正德年間，軍屯戶數從十二萬銳減至三萬，“田歸豪右，軍無恆產”。 府把軍屯視同民田徵稅，甚至加派 “遼餉”“剿餉” 等苛捐。如萬曆年間，軍屯每畝賦稅從明初的零點三石增至一點二石，士兵 “耕不得食，徒為地主佃作”。 軍強迫士兵私墾荒地，收穫大部分被剋扣，導致 “屯卒困於誅求，往往棄屯而逃”。 軍通過 “虛冒兵額”“扣克月糧” 牟利。如崇禎年間，大同駐軍賬面十萬，實際僅兩萬，軍餉被將領私分，士兵 “日給米不過半升，尚不足充”， 高級將領將士兵充作家奴、工匠，從事商業經營或勞役。如薊鎮總兵戚繼曾奏報：“邊軍三分之一為將私役，修宅、抬轎、貿易，無暇訓練。”正統年間，全國衛所缺額已達六；至明末，京營 “額兵十萬，實存者僅萬餘”，邊鎮 “士馬半耗，械朽鈍”。

士兵逃亡率高達七，如萬曆年間，寧夏衛 “原額軍一點七萬，存者僅三千”，逃亡者多因 “寒迫，不堪待”。

衛所軍局生產效率低下，劣質兵泛濫。如嘉靖年間，士兵所用刀 “柄易落，刃多銹鈍”，弓箭 “筋膠不固，不過三十步”。

馬匹管理混，邊鎮戰馬 “瘦損者十之六七”，甚至出現 “以羊代馬” 充數的荒唐現象。

明初 “衛所月三次” 的制度，至化年間已 “十年不閱”。士兵平日 “耕田負薪，與農夫無異”，戰時 “執械而立，兩戰慄”。

將領疏於訓練，甚至以 “科斂錢財” 替代練。如萬曆年間，薊鎮士兵 “惟知納銀免，不知武藝為何”。

衛所軍戶被列為 “賤籍”，與民戶、匠戶隔離，社會歧視嚴重。士兵 “視同奴隸，婚姻不通，生計日蹙”，缺乏職業榮譽。

軍戶子弟被迫世襲為兵，有才者不得科舉，有力者不得從商，導致 “豪傑之士恥為軍伍”。

軍戶為逃避兵役，或自殘肢，或買人頂替。如正德年間，廣東衛所 “市無賴子代役，名為‘幫丁’，實則冒領糧餉”。頂替者多為地流氓，無作戰能力，甚至 “臨陣逃，反劫民財”，加劇軍隊劣化。

明中期後，文集團主導軍事決策，武將地位低下。如薊遼總督袁崇煥殺文龍，反映出 “以文制武” 對軍隊指揮的破壞。

衛所軍的調遣需經兵部、督、總兵多重審批，“事權分散，輒掣肘”，無法應對突發戰事。嘉靖後，明朝將軍事重心轉向 “九邊” 重鎮，地衛所被邊緣化。如南直隸衛所 “兵不習戰，城不設防”。

萬曆三大征後，明朝財政枯竭，衛所軍 “糧餉拖欠達三年以上”，士兵 “鬻子賣妻，逃亡相繼”。

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