故事以1942年淪陷的北平為背景，講述原協和醫院化驗員周樹安在妹妹被日軍以“防疫”為名擄走後，毅然潛入魔窟，目睹所謂“先進醫學”外衣下活體實驗的駭人真相。在愛國志士的協助下，他冒險取得核心罪證，並追隨受害者登上被稱為“地獄船”的細菌實驗船“榮豐丸”，在絕境中與同志們竭力保存證據，最終將記載着全部罪行的“時間膠囊”沉入深海，以待後世發現。