就在李斯於咸城全力穩定局勢、進行善後之時，一場潛在的、可能波及更廣的危機，卻在他清晰果斷的指令下，被消弭於無形。

這場危機的源頭，在於被蒙武大軍擊潰後，四散逃關中各地的嫪毐叛軍殘部。這些殘兵敗將雖然失去了統一指揮，但數量仍有數千之眾，且多為亡命之徒，若任由其流竄，不僅會擾地方，劫掠百姓，更可能被某些懷有異心的地方吏或六國細作利用，重新集結患，為搖秦國基的毒瘤。

尤其是幾規模較大的殘部，分別流竄至驪山、藍田附近的山谷林之中，依託地形，時而出沒，襲擊糧隊，擾鄉亭，使得地方吏焦頭爛額，告急文書雪片般飛向咸。

這些文書自然首先彙集到了李斯主持的“平善後事務署”。

李斯審閱着這些告急文書，眉頭微蹙。他深知，對待這些潰散的叛軍，絕不能掉以輕心。若理不當，星星之火，亦可燎原。

他沒有立刻去請示呂不韋，而是據自己掌握的全局信息和軍事常識，迅速做出了判斷和部署。

他首先給駐守藍田大營的蒙武下達了一道指令：

“蒙將軍：潰叛散匿山林，為禍地方，亟需清剿。然其分散狡黠，大軍圍剿，事倍功半，且易擾民生。着將軍即刻選派幹校尉，率輕銳斥候及悉當地地形之嚮導，組數支追剿小隊，每隊百人左右，配足弓弩糧秣，深驪山、藍田等叛軍藏匿區域，進行追蹤、偵察、擾、分化。不求速戰，但求疲敵、斷糧、迫其無法立足。同時，張榜安民，宣布脅從不同之策，分化瓦解其眾。”

這道指令，摒棄了勞師眾的大規模圍剿，而是採取了更靈活、更針對的小銳清剿戰，旨在以最小的代價，最大限度地叛軍的生存空間，並利用政治攻勢進行分化。

接着，他又給相關郡縣的守、令下達指令：

“各郡守、縣令：叛軍潰散，爾等當組織縣卒、徵發當地壯丁，配合軍方追剿小隊，於要道設卡，於鄉里聯防，堅壁清野，斷其補給。嚴盤查過往行人，防止其細作滲。對於主投誠之脅從，可依律酌寬宥，予以安置；對於負隅頑抗、繼續為惡者，一經發現，格殺勿論，以儆效尤。務必確保地方安寧，百姓不驚擾。”

這道指令，明確了地方府的責任，將其納統一的清剿系，形了軍民結合、層層設防的清剿網絡。