熱蘭遮城陷落的消息，如同長了翅膀，迅速傳遍了台灣西海岸的漢人村社和土着部落。人們奔走相告，額手相慶，被荷蘭人欺數十年的霾，似乎隨着城堡上飄揚的大明龍旗而一掃而空。

然而，對於鄭芝龍和明軍而言，戰鬥的結束僅僅意味着另一項更複雜工作的開始。清理戰場，救治傷員，安置俘虜，穩定秩序，千頭萬緒。

最大的俘虜，自然是荷蘭駐台灣最後一任總督揆一。他是在堡最後的指揮室被發現的，當時他正試圖燒毀一些重要文件，被衝進來的明軍士兵制止。這位曾經不可一世的總督，此刻面灰敗，眼神空，華麗的軍服上沾滿了灰塵和污，昔日的氣焰然無存。

鄭芝龍並未急於見他，而是先命人將他與其他高級軍分別看管起來。他需要先理好迫在眉睫的降儀式。

降地點，定在了較早被攻克、損相對較輕的赤嵌樓。這裡曾是荷蘭人的行政中心，將其作為降地，象徵著大明權威的回歸，也避免了在滿目瘡痍、骸遍地的熱蘭遮城舉行儀式的不便。

三日後，赤嵌樓前廣場被清掃整理出來。一隊隊明軍將士盔明甲亮，持械肅立，雖面帶疲憊，但神昂揚。軍容嚴整，旌旗招展。得知消息的漢人移民代表和部分表示友善的土着頭人，也被允許在遠觀禮。

鄭芝龍着賜的鬥牛服，端坐於臨時設置的主位之上，兩旁分列着施大瑄等一眾將領，以及剛剛趕到、代表朝廷的宣使周鼎臣。氣氛莊嚴肅穆。

片刻後，一隊明軍士兵押解着揆一及其主要僚屬、軍走了過來。這些昔日的民者，此刻垂頭喪氣，步履蹣跚，不人上還帶着傷，與廣場上肅殺的明軍形了鮮明對比。

揆一走到鄭芝龍座前，猶豫了一下，最終還是依照歐洲投降的慣例，解下了自己的佩劍，雙手平舉，躬遞上。這是一個標誌的作，意味着出指揮權，承認失敗。

通譯將他的話翻譯過來：“荷蘭東印度公司福爾沙（台灣）總督弗雷德里克·揆一，及其屬下軍，向大明帝國水師提督鄭芝龍將軍，無條件投降。”

鄭芝龍面平靜，對旁的親兵微微頷首。親兵上前，接過了那柄象徵著權力的佩劍。