與此同時，盧方舟徹底改革科舉舊制，在經義、詩賦之外，新設六科實用之學，取士不再只看空談義理：

一是算學科，教授算、幾何、度量衡之學，培養能統籌財稅、測算工程、規劃糧草的實幹之才。

二是格科，講授天文、地理、理、化學之理，鼓勵學子觀天地、察萬、究原理，用以制、測地、修歷、造械。

三是兵學科，研習兵法謀略、戰陣部署、火炮演、水師戰法，為新軍選拔年輕將才，充實行伍。

四是工程科，傳授水利修築、道路鋪設、城池營造、船舶建造之，專育能修堤、開路、築城、造船的工匠之才。

五是吏治科，明為之道、吏治之法、安民之，培養清廉務實、恤民的地方吏。

六是農商科，教習耕植、改良作、經營商貿、遠洋貿易，以強本、富國、利民。

科舉一改，天下學風頓變。

無數懷實學、通技藝的讀書人穎而出，再非只會死讀經書、空談心的腐儒。

短短兩年，大明文風、技風、學風一併興盛，書院遍布州縣，講學之聲不絕於耳，戰中荒廢數十年的教化，一朝重興，氣象蒸蒸日上。

除此之外，盧方舟還大力整頓吏治，嚴懲貪污吏、佞之臣。

無論其出何等顯赫、職何等之高，一旦查實貪腐、職之舉，必嚴懲不貸，抄家滅族者不在數。

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