糧草彈藥由戶部直屬的倉儲司統一調撥，通過建立的兵站網絡進行接力運輸，大大提高了效率，也減了擾民。

軍餉由兵部直接發放到士兵手中，中級軍不得經手，有效遏制了喝兵的陋習。

一套相對現代的後勤保障系初雛形，為大軍持續作戰的堅強後盾。

訓練方式的革新也隨之而來。

以往的訓練多側重於個人武藝和陣法演。

現在，訓練更加近實戰和強調協同。

參謀部會下發想定背景複雜的演習方案，要求各部隊在陌生地域進行對抗演練，錘鍊軍的臨機決斷和部隊的應變能力。

燧發槍兵的快速裝填與齊、步炮協同進攻、騎兵與步兵的配合掩護，為訓練的重點。

演習中開始使用空包彈和設定傷亡規則，增加真實。

訓練傷亡被視為必要代價，嚴令各部隊必須完指標。

最深層次的改革，則在於軍隊質與思想的潛移默化。

陳遠和柳如是極力推，要打造一支“忠於大陳、忠於王上、紀律嚴明、護百姓”的新軍隊。

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