沒過多久，侍便傳來了皇帝召見的消息。考慮到桓溫腳不便，簡文帝特意特許他乘坐轎子進皇宮。桓溫坐在轎子里，心裡志得意滿，幻想着自己接下來執掌朝政，甚至取而代之的場景。可當他走進皇宮，見到簡文帝時，卻瞬間愣住了。

簡文帝坐在龍椅上，臉蒼白，雙眼通紅，眼淚像斷了線的珠子一樣，不停地往下掉。他看着桓溫，眼神里充滿了恐懼與委屈，卻一句話也說不出來。桓溫原本準備好的一番話，在看到簡文帝這副模樣後，瞬間全都忘得一乾二淨。他看着簡文帝淚流滿面的樣子，心裡竟莫名地升起了一懼怕——他從未想過，自己一手扶持起來的皇帝，竟然會如此懦弱，如此可憐。那一刻，他竟有些手足無措，站在原地，張了張，卻一個字也說不出來。

這次召見，最終以一種尷尬的方式結束了。桓溫走出皇宮，心裡悶悶不樂——他原本想藉著這次召見，進一步鞏固自己的權勢，可沒想到，竟然會是這樣的結果。更讓他頭疼的是，朝中還有一個人，始終是他前進道路上的障礙，那便是太宰、武陵王司馬曦。

司馬曦是東晉的宗室王爺，手握一部分兵權，而且平日里喜歡習武練兵，結豪傑，在朝中頗有威。他早就看不慣桓溫專權跋扈的樣子，常常在朝堂之上與桓溫針鋒相對，為了桓溫獨攬大權的最大障礙。桓溫早就想除掉司馬曦，可一直找不到合適的借口。

這一次，桓溫決定借廢立之事的餘威，除掉司馬曦。他找到了尚書左僕王彪之，讓他出面彈劾司馬曦，列舉他的罪狀，然後將他罷奪爵。可王彪之是個正直之人，他知道司馬曦並無大錯，桓溫此舉不過是想剷除異己，所以堅決不同意。桓溫見王彪之不肯出面，便只好親自上陣，向簡文帝上奏，稱司馬曦聚集亡命之徒，勾結叛逆之人，意圖謀反，請求皇帝免去他的職，將他囚起來。

簡文帝心裡清楚，司馬曦是被冤枉的，可他不敢反抗桓溫，只能無奈地答應了桓溫的請求，免去了司馬曦的太宰之職，將他貶為庶人，囚在了新安郡。可桓溫並不滿足，他覺得僅僅是囚司馬曦，還不足以震懾朝中的反對者。於是，他又迫新蔡王司馬晃出面指證，稱司馬曦與其他幾位宗室王爺謀謀反，意圖推翻新帝，奪取皇位。

桓溫將司馬曦等人抓了起來，給了廷尉審理，還讓史中丞上奏皇帝，請求誅殺司馬曦等人，以儆效尤。這一次，簡文帝終於鼓起了勇氣，堅決不同意桓溫的請求。他看着桓溫，眼神裡帶着一決絕，語氣堅定地說：“若是還想保全晉朝的江山社稷，就請按照之前的決定行事，不要再濫殺無辜了！”

桓溫沒有想到，一向懦弱的簡文帝，竟然會為了司馬曦而反抗自己。他看着簡文帝堅定的眼神，心裡又氣又急，卻又無可奈何。畢竟，簡文帝雖然懦弱，但終究是名義上的皇帝，若是他執意要誅殺司馬曦，必然會引起朝野上下的不滿，甚至可能引發叛。無奈之下，桓溫只好做出讓步，將司馬曦等人改為罷流放，發配到了偏遠的地方。

除掉了司馬曦這個障礙，桓溫以為自己很快就能實現自己的帝王夢了。可他沒有想到，簡文帝在位僅僅兩年，便因為長期擔驚怕，一病不起，而且病越來越重，醫們想盡了辦法，也沒能挽回他的命。

簡文帝知道自己時日無多，便開始安排後事。他深知桓溫的野心，也知道自己死後，桓溫必然會趁機奪取皇位。於是，他留下了一道詔，詔書上寫着：“朕死後，由大司馬桓溫輔佐子司馬曜登基，若是桓溫覺得太子年，無法執掌朝政，便可自取皇位，代晉稱帝。”

這道詔，簡直是正中桓溫下懷。若是這道詔能夠順利實施，他便能名正言順地登上皇位，實現自己多年的夢想。可就在這時，王坦之、謝安等大臣卻站了出來，堅決反對這道詔。他們認為，簡文帝此舉，是要將晉朝的江山社稷拱手讓人，若是真的按照詔行事，晉朝的江山很快就會改姓桓了。

於是，王坦之等人冒着生命危險，闖皇宮，當著簡文帝的面，將詔上的容改了過來。修改後的詔上寫着：“朕死後，家國大事皆由大司馬桓溫理，桓溫當如諸葛武侯輔佐後主劉禪一般，輔佐太子司馬曜登基，盡心儘力，輔佐主，保全晉朝的江山社稷。”

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