醫療設施更是大力改善。王磊下令所有營級單位必須設立醫帳，配備基本藥材。大型軍營要建立傷兵醫院，分設科、外科、傳染病科。每個醫帳都要有乾淨水源，獨立廁所，嚴格做好防疫。

最艱難的是藥材保障。以前藥材經常以次充好，甚至有用樹冒充人蔘的。王磊建立藥材檢驗制度，每批藥材都要經過三位醫共同驗收。還在各營開闢葯圃，種植常用草藥，既保證質量又節省開支。

隨着戰事進行，傷兵越來越多。王磊發現許多傷員因為得不到及時救治而喪命。他下令組建“戰場救護隊”，挑選機敏勇敢的士兵學習急救技，配備急救包，隨時上前線搶救傷員。

有個栓子的年輕士兵，第一次上戰場就遇到慘烈戰鬥。他冒着箭雨搶救出五名傷員，自己卻中箭負傷。王磊親自為他敷藥，嘆道：“有這樣的勇士，何愁軍隊不強？”

但醫療改革遇到的最大阻力來自觀念。許多軍認為救治傷兵是浪費資源，主張重傷員就該自生自滅。王磊召開全軍大會，慷慨陳詞：“這些傷員是為國負傷，拋棄他們就是寒了全軍的心！從今日起，救治傷兵與殺敵同等重要！”

王磊還特別重視心理疏導。有些士兵戰後夜不能寐，驚悸不安。他請來禪師、道士為士兵做心理安，還在各營設立“靜心堂”，讓士兵有個放鬆的地方。

最令人的是傷殘安置。王磊建立“榮軍坊”，讓傷殘士兵學習手藝，有的編筐，有的製鞋，還有的學習修理兵。這樣既解決了他們的生計，又為軍隊提供了資。

有個失去右臂的老兵，原本以為此生已廢，在榮軍坊學會用左手寫字記賬，後來為軍需的文書。他流着淚說：“總鎮不僅救了我的命，還給了我活下去的尊嚴。”

隨着醫療系完善，傷兵死亡率大幅下降。但王磊並不滿足，他又開始研究戰地手、傳染病防治、藥材炮製等技。還派人到南方學習種痘技，預防天花流行。

隨着傷兵增多，王磊發現醫嚴重不足。他下令在各營選拔識字的士兵，由老醫帶徒傳授醫。有個“小華佗”的士兵，原本是個郎中兒子，識得草藥，被選為醫徒後進步神速，半年就能獨立理傷口。

藥材供應也是個難題。王磊派人到長白山採集藥材，還在各營開闢葯圃。最難得的是請來一位苗族草醫，傳授許多民間驗方。有個治療金瘡的秘方，用當地常見的三七配上幾種草藥，止效果奇佳。

戰地救護更需要改進。王磊設計了一種輕便擔架，由兩個士兵就能抬運傷員。還在各要道設立救護站，備有清水、繃帶和止藥。有個救護站建在山裡，冬暖夏涼，最適合傷員休養。

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