針對境尚未完全肅清的小土匪和潰兵，孫傳庭採取“兵清剿”與“保甲聯防”相結合的策略。

秦軍以哨、隊為單位，主出擊，清剿匪患，保護百姓的農業生產和財產安全。

這一過程，既鍛煉了部隊的實戰能力，也徹底恢復了地方秩序。

由於表現出且陝西戰略地位日益重要，崇禎批准孫傳庭將秦軍從兩萬餘人擴編至七萬銳。

新兵源很多是得到安置、心懷激的本地青壯，忠誠度和士氣很高。

同時，藉助朝廷軍工系的支持，秦軍的火化率大幅提升至70%，裝備了優質的燧發槍和輕型火炮，從一支以冷兵為主的邊軍，蛻變為一支裝備良、步炮協同的新式軍隊。

這支軍隊紮於西北，對當地況了如指掌，且深得民心，為穩固大後方的定海神針。

崇禎皇帝和孫傳庭都深知，僅靠耐旱作是治標，改善農業基礎條件才是治本。

於是，在明末財政依然張的況下，一項規模空前的水利興修計劃在陝西堅定不移地推進。

“打井萬口”計劃： 在前期“打井五千口”功經驗的基礎上，孫傳庭員軍民，利用農閑時節，在關中平原、渭河谷地等地下水較為富的區域，又持續開鑿了超過一萬口灌溉水井。

這些水井配備了改進的畜力水車，極大增強了對乾旱的抵抗能力，使得部分土地甚至可以實現小麥等細作的灌溉種植，提高了農業產值。

組織人力疏浚整修了鄭國渠、白渠等古老灌渠的部分段落，雖然無法完全恢復漢唐盛況，但仍有效灌溉了數萬頃良田。

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