徐淮慘敗的消息和隨之而來的部整肅、新政強力推行，如同三記重拳，徹底打懵了南京的留守朝廷。先前還勉強維持的表面團結，瞬間土崩瓦解，部矛盾急劇激化，陷了近乎瘋狂的鬥和相互指責之中。

以誠意伯劉孔昭、寧侯朱國弼為首的勛貴集團，將戰敗的責任歸咎於江北四鎮軍閥的“無能”和“潰逃”，以及大學士王鐸等文“調度無方”。他們試圖甩鍋自保，甚至暗中商議，是否要拋出幾個替罪羊，向王小偉“謝罪”以求和。

而以王鐸為首的部分文，則反相譏，指責劉孔昭、朱國弼等勛貴“貪墨軍餉”、“任人唯親”、“嫉賢妒能”，才是導致聯軍失敗的罪魁禍首。他們試圖聯合一些對勛貴不滿的將領，奪取更多的權力。

江北潰敗逃回的幾個總兵，如劉澤清、黃得功等人，則擁兵自重，一方面對南京朝廷奉違，大肆搜刮地方以補充實力，另一方面則互相猜忌，甚至為了爭奪地盤和補給而發生小規模。

長江水師提督鄭鴻逵（鄭功叔父）則態度曖昧，一方面表示繼續效忠南京朝廷，另一方面卻將水師主力收至鎮江、江一線，擺出一副擁兵觀的姿態。

整個南京小朝廷，陷了“黨爭猛於虎”的惡循環。無人真正考慮如何整軍經武，防即將到來的北方大軍，所有人都在忙着爭權奪利，算計着如何在新舊替的浪中保全自，甚至不惜犧牲他人。

南京城，人心惶惶，流言四起。有錢有勢的大家族開始暗中變賣家產，準備南逃。市面蕭條，價飛漲。普通百姓則茫然無措，既害怕北兵打過來的戰，又對當前南京朝廷的腐敗無能深失。

“完了……南京完了……”一些有識之士私下裡哀嘆，他們已經看不到任何希。

與此同時，王小偉在淮北的統治卻日益穩固。部整肅雖然帶來了一些陣痛，但也清除了患，純化了隊伍，使得新政推行更加順暢。淮北地區的社會秩序和經濟生活逐步恢復，甚至比戰前更有活力。來自北方的糧食、布匹、鐵等資，通過運河源源不斷南下，而南方的綢、茶葉、瓷等產，也開始通過北疆商行的渠道北上。一種新的經濟循環正在形。

王小偉並沒有急於發渡江戰役。他深知，長江天險非同小可，尤其對方還擁有強大的水師。在沒有掌握制江權的況下，貿然渡江，風險極大。

他將行營前移至揚州以北的邵伯鎮，親自勘察長江北岸地形，召見登萊水師提督和悉江防水文的將領、漁民，詳細了解長江水文、汐、航道以及南京水師的布防況。

“王爺，長江江寬水急，風浪無常。南京水師雖經徐淮之敗，士氣損，但實力猶存，尤其擅長水戰。我軍水師初創，戰船數量和水戰經驗均不及對方，若正面決戰，勝算不大。”登萊水師提督客觀地分析道。