蕭如薰的大軍開進江南的時候，就像秋風掃落葉一樣順利。從長江北岸往南打，一路上沒遇到太多像樣的抵抗。

開頭先拿下了揚州。揚州城裡的守軍聽說蕭軍來了，好多人提前就跑了。剩下的守將想抵抗，可底下的兵都不願意賣命。蕭如薰讓人在城外喊：“只要放下武，願意回家的發路費，願意當兵的照常發餉！”這麼一喊，城裡當天晚上就有一半士兵翻牆出來投降。第二天城門一開，蕭軍沒費多力氣就進城了。

南京城早就在沈一貫和徐弘基的安排了候着太子進城了。

蕭如薰讓士兵維持秩序，還派人把糧倉打開，給城裡挨的百姓發糧食。老百姓都說，這蕭將軍的隊伍和以前見過的軍不一樣。

過了長江，蘇州、杭州這些地方更是風而降。當地的鄉紳早就聽說蕭如薰在福建、廣東的做法，知道他不隨便欺負良善，還會保護地主的合法財產。所以不等軍隊到，就主組織人準備糧草，迎接大軍。有些地方的百姓還自發在城門口擺上茶水點心，歡迎蕭軍進城。

不過也不是完全沒遇到抵抗。在嘉興，有個李守忠的總兵帶着幾千人想頑抗。這人以前在北方打過仗，有點本事，還在城外修了不工事。蕭如薰沒急着強攻，先讓人斷了嘉興的糧道，圍了半個月。城裡糧食吃完了，士兵開始搶百姓的東西，民心全失。這時候蕭軍發起總攻，只用了一天就破了城。李守忠想逃跑，被蕭軍追上抓住，蕭如薰沒殺他，只讓人把他關起來，說等打完仗再置。

打下江南的關鍵是水軍。蕭如薰提前造了不大船，還招募了很多悉長江水道的漁民當水手。在長江上，蕭軍的水師把那些零星抵抗的小水軍打得落花流水。有一次在鎮江江面，蕭軍水師用火炮轟沉了五艘敵船，剩下的敵船嚇得直接掛白旗投降。

蕭如薰治軍很嚴，規定士兵不許擾民。有個士兵在杭州搶了老百姓一隻，被人告到軍營。蕭如薰二話不說，當眾打了那士兵五十大板，還賠了百姓雙倍的錢。這麼一來，江南百姓都知道蕭將軍的軍隊紀律好，也就不害怕了。

大軍每到一個地方，就做兩件事：一是安百姓，開倉放糧；二是清查府倉庫。把那些貪污吏藏起來的金銀財寶都搜出來，一部分充作軍餉，一部分用來修繕被戰火破壞的房屋和道路。在蘇州，蕭如薰還專門派人修復了被水患沖毀的護城河堤壩，老百姓都說這是辦了件大好事。

江南各地的員，只要願意歸順的，蕭如薰都留用，只是讓他們重新登記治下的人口和田地。有些地方的員以前瞞報了不土地，這時候都老老實實了底。蕭如薰也沒為難他們，說只要以後好好辦事，既往不咎。

打了三個月，整個江南就都在蕭如薰的掌控之下了。從南直隸到浙江，一路上沒打幾場仗。老百姓都說，這仗打得就像換了個府，日子該咋過還咋過，甚至因為蕭軍管得嚴，街上的小小都了。

蕭如薰拿下江南後，第一件事就是派人統計當地的糧食產量和人口。他知道，江南是天下的糧倉，只要把這裡穩住，糧草和兵員就都不愁。他還下了道命令，讓各地把被豪強霸佔的公田都收回來，重新分給無地的百姓。這個做法讓很多窮苦人都念他的好。

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