太平真君六年（445）九月，北魏關中地區的杏城（今陝西黃陵縣），一場規模空前的起義正在醞釀。盧水胡人蓋吳，這個出數民族的豪傑，利用民族矛盾和階級矛盾，聚集了十餘萬民眾，公開反抗北魏統治。起義軍迅速控制了渭北廣大地區，並建立政權，蓋吳自稱天台王，設置百，與北魏政權分庭抗禮。

蓋吳起義的發生並非偶然。自太武帝統一北方以來，北魏政府對關中地區實行高統治，特別是對盧水胡、羌、氐等數民族徵收重稅，徵發徭役，導致民不聊生。與此同時，連年的自然災害使關中地區飢荒蔓延，而地方員不僅不加以賑濟，反而變本加厲地盤剝百姓。這些社會矛盾最終在太平真君六年秋全面發。

起義消息傳到平城，太武帝大為震怒。他立即任命西平公寇提為征西大將軍，率領銳部隊前往鎮。然而，軍的初期進攻卻意外挫。蓋吳起義軍利用悉地形的優勢，採取游擊戰，多次擊敗北魏軍隊。最嚴重的是在十一月，起義軍在李潤堡大敗軍，繳獲大量武裝備。

太武帝意識到事態嚴重，決定駕親征。太平真君七年（446）正月，太武帝率領十萬大軍西征。大軍行進至長安時，發生了一個改變歷史走向的意外事件。據《魏書·釋老志》記載，太武帝臨時駐紮在長安城的一佛寺。隨行的士兵在寺馬廄喂馬時，意外發現寺藏有大量兵、弓箭和鎧甲。

這一發現立即引起太武帝的警覺。他下令徹底搜查寺院，結果更加令人震驚：不僅發現了大量武，還搜出了釀酒（當時止私人釀酒）、地方員寄存的財，甚至還有藏匿婦的室。最讓太武帝憤怒的是，在寺院的室中發現了與蓋吳起義軍往來的書信。

崔浩立即抓住這個機會，向太武帝進言：佛寺表面上宣揚慈悲為懷，暗地裡卻私藏兵，勾結叛軍，窩藏贓，婦。這些行為已經嚴重威脅到國家安全，必須徹底清查。太武帝然大怒，當即下令將全寺僧全部死，沒收寺院所有財產。

這一事件為全面滅佛的導火索。太武帝命令長安所有佛寺立即接檢查，結果發現類似況普遍存在。在許多寺院中都發現了私藏的武、財和違品。這些發現似乎證實了崔浩長期以來的指控：佛教寺院已經為法外之地，不僅逃避國家賦役，還從事非法活，甚至與反叛勢力勾結。

太武帝在盛怒之下，命令司徒崔浩起草詔書，要求在全國範圍清查所有佛寺。崔浩藉機擴大打擊範圍，在詔書中加了徹底消滅佛教的容。他提出：佛圖虛誕，為世費害，宜悉除滅。這一建議得到了寇謙之的支持，雖然寇謙之主張採取相對溫和的方式，但在當時激昂的氣氛下，他的意見未能到重視。

長安的事件很快傳遍全國，引起了不同反響。在平民百姓中，有些人因為長期到寺院迫，對滅佛持支持態度；而更多虔誠的佛教徒則到恐慌和憤怒。在僚集團部，也產生了嚴重分歧。以太子拓跋晃為首的一批貴族員主張慎重理，認為不應該因為個別寺院的違法行為就全面否定佛教；而以崔浩為首的改革派則堅持必須採取果斷措施。

值得注意的是，蓋吳起義軍中也出現了佛教徒的影。一些逃亡的僧加起義軍，為蓋吳提供神支持和技幫助。這種現象進一步加深了太武帝對佛教的懷疑，他認為佛教不僅在經濟上損害國家利益，在政治上也已經為反對勢力的同盟軍。

太武帝在長安期間，親自視察了多被查抄的寺院。據《魏書》記載，在一寺院中，太武帝看到佛像上披着錦繡袈裟，而寺外卻有殍遍野，不怒斥：佛法慈悲，何以至此！這句話後來為滅佛運的重要口號。