桓玄逃到尋，郭昶之給他提供了各種資和兵力支持。三月辛未，桓玄強迫皇帝往西走，劉毅率領何無忌、劉道規等各路軍隊在後面追不捨。桓玄留下龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓和郭昶之駐守湓口。桓玄在逃亡路上還親自寫《起居注》，講述討伐劉裕的事兒，把自己說得好像謀劃得完無缺，全是各路軍隊不聽指揮，才導致最後失敗逃跑。他一門心思都在寫這個，本沒時間跟手下人商量當下的局勢。《起居注》寫完後，還到給人看。

三月丙戌，劉裕宣稱接到皇帝的秘詔書，讓武陵王司馬遵秉承皇帝旨意，總管百事務，加封為侍中、大將軍，同時宣布大赦天下，但桓玄一族不在赦免範圍。

劉敬宣、高雅之聯合青州的大姓家族以及鮮卑的豪強首領，打算謀殺南燕主慕容備德，推舉司馬休之當頭兒。慕容備德任命劉軌為司空，對他特別寵信。高雅之想拉劉軌一起參與謀划，劉敬宣說：“劉公年紀大了，就想在齊地安穩過日子，這事兒別告訴他。”但高雅之最後還是跟劉軌說了，劉軌沒答應。結果這事兒不小心泄了，劉敬宣等人往南逃跑，南燕的人抓住劉軌，把他殺了，又追上高雅之，也把他殺了。劉敬宣、司馬休之逃到淮水、泗水一帶，聽說桓玄戰敗，就又回來歸附東晉，劉裕任命劉敬宣為晉陵太守。

南燕主慕容備德聽說桓玄戰敗，就命令北地王慕容鍾等人帶兵，準備趁機拿下江南地區，結果正好慕容備德生病，這事兒就擱置了。

夏天四月己丑，武陵王司馬遵進東宮居住，宮裡宮外的人對他都畢恭畢敬。他任免百的時候，用的是皇帝詔書的格式，發布的命令令書。司馬遵任命司馬休之監理荊、益、梁、寧、秦、雍六州諸軍事，兼任荊州刺史。

四月庚寅，桓玄挾持着皇帝到了江陵，桓石康把他們接了進去。桓玄重新安排了百職位，任命卞范之為尚書僕。他覺得自己剛吃了敗仗，擔心威嚴和命令沒人聽，就進一步加重刑罰，這下大家心裡更不滿，都開始怨恨他。殷仲文勸他別這樣，桓玄生氣地說：“現在因為將領們作戰失利，再加上天象對我們不利，所以才回到舊都江陵。可那些小人還嘰嘰喳喳，提意見！現在就得用強手段整治，不能心姑息。”荊、江各郡聽說桓玄逃亡到這兒，有人上表問候他的起居況，桓玄都不接，反而讓各地為他遷都到江陵慶賀。

當初，王謐是桓玄稱帝的重要輔佐大臣，桓玄接禪讓的時候，就是王謐親手解下皇帝的玉璽和綬帶。桓玄戰敗後，大家都覺得王謐應該被殺，只有劉裕特別出面保全了他。劉毅曾經在朝會的時候，故意問王謐玉璽綬帶在哪兒。王謐心裡特別不安，就逃到曲阿。劉裕寫信給武陵王，把王謐又迎回來恢復了職位。

桓玄哥哥的兒子桓歆帶着氐族首領楊秋進犯歷，魏詠之率領諸葛長民、劉敬宣、劉鍾一起迎擊，把他們打敗了，還在練固斬殺了楊秋。

桓玄派武衛將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭率領幾千人，和何澹之等人一起防守湓口。何無忌、劉道規的軍隊到了桑落洲，四月庚戌，何澹之等人帶領水軍迎戰。何澹之平常乘坐的戰船裝飾得特別華麗，旗幟飄揚，很是威風。何無忌說：“敵軍主帥肯定不在這艘船上，這就是想迷咱們，得趕攻打它。”大家都說：“何澹之不在這船上，就算拿下也沒啥用。”何無忌說：“現在咱們人，敵人人多，打仗很難有絕對的勝算。何澹之既然不在這艘船，那船上的守衛肯定不強，咱們派兵攻打，一定能拿下。拿下這艘船，敵人的士氣就會挫，咱們的士氣就會加倍，趁勢進攻，肯定能打敗敵人。”劉道規說：“好主意！”於是就帶兵去攻打，果然拿下了那艘船，然後大聲喊：“已經抓住何澹之啦！”何澹之的軍隊一下子就了陣腳。何無忌這邊的士兵也以為真抓住了何澹之，乘勝進攻何澹之等人，把他們打得大敗。何無忌等人攻克湓口，進而佔據尋，還派使者把宗廟的牌位送回京城。朝廷加封劉裕為都督江州諸軍事。

桑落洲這場戰鬥中，胡籓乘坐的戰船被軍燒毀，胡籓穿着全副鎧甲跳進水裡，潛遊了三十來步，才爬上了岸。當時去江陵的路已經被截斷，他只好回到豫章。劉裕早就聽說胡籓為人忠誠正直，就把他招來，讓他參與領軍軍事。

桓玄在荊州收攏兵力，還不到三十天，就又聚集了兩萬人，戰船和械也都很充足。四月甲寅，桓玄又帶着各路軍隊，挾持着皇帝向東進發，任命苻宏為梁州刺史，作為前鋒；還派散騎常侍徐放先去，勸劉裕等人說：“如果你們能收兵解散，我們可以重新開始，給你們每個人都安排職位，保證你們的待遇。”

劉裕任命諸葛長民都督淮北諸軍事，鎮守山；任命劉敬宣為江州刺史。

。了去魏北到逃就，功沒，侖社掉殺划謀那大代悅弟堂的侖社汗可然