桓玄搬回上宮，把侍們都召集到省中。任命揚州刺史新安王桓謙為征討都督，讓殷仲文代替桓修擔任徐、兗二州刺史。桓謙等人請求趕派兵攻打劉裕，桓玄卻說：“他們的士兵士氣太猛了，這是抱着必死的決心來的。要是咱們這兒出點差錯，那他們士氣大振，咱們可就徹底沒戲了。不如在覆舟山屯駐大軍，等着他們來。他們白白跑了二百里地，啥也撈不着，銳氣就會挫。這時候突然看到咱們的大軍，肯定得嚇一跳。咱們按兵不，擺好堅固的陣勢，別跟他們正面鋒。他們求戰不得，自然就會散去，這才是上策。”桓謙等人還是堅持要出擊，桓玄沒辦法，只好派頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷先後帶兵北上。桓玄這時候害怕得不行。有人就安他說：“劉裕他們就是一群烏合之眾，勢力弱小，肯定不了事兒，陛下您幹嘛這麼擔心啊！”桓玄說：“劉裕那可是能稱霸一世的英雄，劉毅家裡窮得叮噹響，賭博的時候卻能一擲百萬，何無忌跟他舅舅劉牢之簡直一模一樣。他們一起干大事，怎麼會不了呢！”

南涼王禿髮傉檀忌憚後秦勢力強大，就去掉了自己的年號，撤銷了尚書丞郎等職，還派參軍關尚出使後秦。秦王姚興質問關尚：“車騎將軍（指禿髮傉檀）向我表示歸降稱臣，卻擅自興兵修建大城，這難道是做臣子該有的態度嗎？”關尚回答說：“王公們設置險阻來守衛自己的國家，這是先王定下的規矩。車騎將軍地偏遠的藩地，又挨着強大的敵人，修建大城是為國家設置多一道防，沒想到陛下您卻對此有所懷疑。”姚興覺得他說得有道理。禿髮傉檀請求兼任涼州刺史，姚興沒答應。

之前，袁真殺了朱憲，朱憲的弟弟朱綽逃去投奔桓溫。桓溫攻克壽後，朱綽就把袁真的棺材挖出來，鞭泄憤。桓溫很生氣，要殺了朱綽，桓衝出面求才免了他一死。從此朱綽侍奉桓沖就像侍奉父親一樣，桓衝去世後，朱綽傷心到吐而死。劉裕攻下京口後，讓朱綽的兒子朱齡石當了建武參軍。三月戊午初一，劉裕的軍隊在江乘和吳甫之上了。開戰前，朱齡石對劉裕說：“我們家世代桓家的厚恩，我實在不想拿刀跟他們對着干，請求讓我留在隊伍後面。”劉裕覺得他重義，就答應了。吳甫之是桓玄手下的猛將，他帶的兵也特別銳。劉裕手裡拿着長刀，大喊着沖向敵陣，敵人紛紛躲避，劉裕當場就把吳甫之給斬了，然後進軍到羅落橋。皇甫敷帶着幾千人迎戰，寧遠將軍檀憑之戰敗亡。但劉裕越戰越勇，皇甫敷把他圍了好幾層，劉裕背靠大樹，頑強抵抗。皇甫敷說：“你想怎麼個死法！”說著就拔出戟要刺劉裕，劉裕瞪大眼睛，大聲呵斥，皇甫敷被嚇得後退。不一會兒，劉裕的援兵到了，一箭中皇甫敷的額頭，他摔倒在地，劉裕趁機提刀上前。皇甫敷說：“你有天命在，我把子孫託付給你了。”劉裕殺了他之後，好好安了他的孤。劉裕把檀憑之原來帶領的兵給參軍檀祗統領。檀祗是檀憑之的侄子。

桓玄聽說兩位大將戰死，嚇得不輕，趕召集各路道士士，又是推算吉凶，又是搞厭勝之。他還問大臣們：“我是不是要敗了啊？”吏部郎曹靖之回答說：“現在民怨沸騰，連神靈都發怒了，我實在害怕。”桓玄問：“老百姓有怨氣還能理解，神靈為啥發怒呢？”曹靖之回答：“晉朝的宗廟漂泊在江邊，咱們大楚祭祀，都不包括祖宗，這就是神靈發怒的原因啊。”桓玄又問：“你為啥不早勸我？”曹靖之回答：“您邊那些大臣都覺得現在是堯、舜一樣的太平盛世，我哪敢說啊！”桓玄聽了，沉默不語。他派桓謙以及游擊將軍何澹之駐守東陵，侍中、後將軍卞范之駐守覆舟山西面，兵力總共兩萬人。

三月己未，劉裕的軍隊吃完飯後，把剩下的糧食都扔了，進軍到覆舟山東面。劉裕讓老弱殘兵登山，多樹旗幟，製造疑兵，分好幾路一起向前，把山谷都填滿了。桓玄的偵察兵回去報告說：“劉裕的軍隊到都是，不知道有多人。”桓玄更加擔憂害怕，又派武衛將軍庾賾之率領銳士兵去增援各路軍隊。桓謙等人的士兵大多是北府兵舊部，向來敬畏劉裕，這會兒都沒了鬥志。劉裕和劉毅等人把軍隊分好幾隊，向桓謙的陣地發起突擊。劉裕先士卒，將士們也都拚死作戰，個個以一當百，喊殺聲震天地。當時東北風颳得很急，劉裕就下令放火，大火熊熊燃燒，濃煙衝天，戰鼓聲和喊殺聲震了京城，桓謙等人的各路軍隊一下子就崩潰了。

桓玄雖然派兵去抵擋劉裕，但心裡早就想好了要逃跑。他讓領軍將軍殷仲文在石頭城準備好船隻。聽說桓謙等人戰敗後，桓玄帶着幾千親信，假裝要去參戰，實際上帶著兒子桓昇、侄子桓浚從南掖門出逃。路上到前相國參軍胡籓，胡籓抓住他的馬韁繩勸說道：“現在羽林軍中還有八百能箭的士兵，他們都願意為正義而戰。西部地區的人了您桓家幾代的恩，不帶着他們去拼一戰，就這麼捨棄他們，您能心安嗎！”桓玄不回答，只是舉着馬鞭指向天空，然後揮鞭催馬就跑，往西直奔石頭城，和殷仲文等人乘船往江南逃走了。桓玄一整天沒吃東西，手下人給他送來糙米飯，桓玄卻難以下咽，桓昇抱着他的口安他，桓玄悲傷得難以自抑。

劉裕進建康，王仲德抱着王元德的兒子王方回出來迎接劉裕，劉裕在馬上抱着王方回，和王仲德相對而哭。劉裕追贈王元德為給事中，任命王仲德為中軍參軍。劉裕進駐桓謙原來的營地，派劉鍾佔據東府。三月庚申，劉裕駐軍石頭城，設立留台和百，把桓溫的神主牌位在宣門外焚燒，重新製作晉朝的神主牌位，放太廟。劉裕還派將領們去追擊桓玄，尚書王嘏率領百去迎接皇帝，把桓玄在建康的族人都殺了。劉裕讓臧熹進宮，收集圖書、，封閉府庫。看到有裝飾着金子的樂，劉裕問臧熹：“你是不是想要這個？”臧熹一臉嚴肅地說：“皇上被幽迫，流亡在外，將軍您首先倡導大義，為國家不辭辛勞，我雖然沒什麼才能，但實在對這樂沒興趣。”劉裕笑着說：“跟你開個玩笑而已。”臧熹是臧燾的弟弟。

三月壬戌，桓玄的司徒王謐和眾人商議，推舉劉裕兼任揚州刺史，劉裕堅決推辭。於是就讓王謐擔任侍中、領司徒、揚州刺史、錄尚書事，王謐又推舉劉裕為使持節、都督揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州諸軍事、徐州刺史，劉毅為青州刺史，何無忌為琅邪史，孟昶為丹尹，劉道規為義昌太守。

劉裕剛到建康的時候，各種重大決策都給劉穆之理。劉穆之在倉促之間把事安排得妥妥噹噹，大家都很滿意。劉裕從此把他當作心腹，一舉一都向他請教。劉穆之也盡心儘力，毫無保留。當時晉朝的政務鬆弛，法紀不立，豪門大族肆意放縱，老百姓窮困潦倒，再加上司馬元顯政令錯誤百出。桓玄雖然想整治，但制定的條規又繁瑣又嚴苛，沒人願意遵從。劉穆之就據當時的實際況，隨時加以糾正。劉裕以作則，先用威嚴的令來治理。沒過十天，外百都恭恭敬敬地履行職責，社會風氣一下子就改變了。

之前，諸葛長民到豫州後，錯過了約定的起事日期，沒辦法按計劃行。刁逵抓住了諸葛長民，把他關在囚車裡，準備送給桓玄。囚車走到當利的時候，桓玄已經戰敗，押送的人一起砸開囚車，救出了諸葛長民，諸葛長民轉頭又趕回曆。刁逵棄城逃跑，被他的部下抓住，在石頭城被斬首，他的子侄不論大小都被死，只有最小的弟弟給事中刁騁被赦免。刁逵原來的下屬把他弟弟的兒子刁雍藏起來，送到，秦王姚興任命刁雍為太子中庶子。劉裕任命魏詠之為豫州刺史，鎮守歷，諸葛長民為宣城史。

當初，劉裕名聲不顯，地位低下，還行為輕佻，品行不佳，上流社會的人都不怎麼搭理他，只有王謐特別看重他，對劉裕說：“你將來肯定是一代英雄。”劉裕曾經和刁逵賭博，沒錢按時付賭債，刁逵就把他綁在馬樁上。王謐看到後，責備了刁逵，把劉裕放了，還替他還了賭債。因此，劉裕對刁逵恨得牙痒痒，卻對王謐恩戴德。

蕭方等評論說：蛟龍潛伏的時候，魚蝦都會冒犯它。所以漢高祖赦免雍齒，魏武帝赦免梁鵠，怎麼能因為平民時候的嫌隙，就結下帝王與臣子之間的仇怨呢！現在王謐了三公，刁逵卻滅了族，劉裕這樣報恩報仇，心也太狹隘了吧！

。劫一過逃才，來起藏彬僧尚和被龍慧王子兒的弟弟綏王。族滅被，後泄事，裕劉擊襲謀綏王史刺州荊子兒他和愉王僕左書尚

。銷撤律一，縣的戶百滿不口人是凡，說詔下，條蕭濟經區地原中為因魏北

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