13世紀中葉，西藏正式歸中國元朝版圖。元朝皇帝設置了宣政院，直接管理西藏地區軍政要務。這一機構的人員選用由皇帝決定，它的報告直接送給皇帝。掌握宣政院實權的是“院使”，一般由中央政府總理全國政務的右丞相兼領。

1368年明王朝接替元王朝，繼承了治理西藏的權力。明朝中央對元代的職名稱、品秩，大都保留原狀。在今西藏中部和東部分別設立“烏思藏行都指揮使司”與“朵甘行都指揮使司”，隸屬於陝西行都指揮使司，相當於行省級軍區機構，兼理民政。西藏西部阿里另設置“俄力思軍民元帥府”。這些機構的負責員均由中央任命。

達賴喇嘛和班禪喇嘛兩大活佛系統屬於藏傳佛教格魯派。格魯派在明代興起，三世達賴喇嘛本是格魯派的一個寺院的住持。明朝中央特別開例，准予他貢，1587年封賜他以“朵兒只唱”名號。

洪承疇得到李勇的授意，將以大明的名義分別冊封四世達賴喇嘛和四世班禪喇嘛。反正李勇冒用崇禎的蘿蔔章不知道多次，再多一次也無所謂，崇禎不出北京，什麼都不知道，知道了，又能咋地！

接這次的冊封，自此將正式確定了達賴喇嘛和班禪額爾德尼的封號，以及他們在西藏的宗教地位——李勇很賊，這次只給宗教地位，可沒給政治地位。達賴喇嘛在拉薩統治西藏的大部分地區，班禪額爾德尼在日喀則統治西藏的另一部分地區。

使者們反覆向達賴喇嘛和班禪喇嘛詳細說明了冊封的意義和好。他們表示，大明將尊重黃教的傳統和信仰，支持達賴喇嘛和班禪喇嘛在西藏的宗教領導地位。摳門的大明毫不提黃教可以管理西藏的政務。

達賴喇嘛和班禪喇嘛雖有不爽，但經過深思慮，最終接了大明的冊封。他們也清楚，這是黃教在蒙藏地區大發展的一次重要機遇，也是與明國中央建立聯繫的重要契機。

隨着達賴喇嘛和班禪喇嘛接冊封，有中央政府背書的黃教，在西藏的影響力將更迅猛擴大。而李勇的計也將得逞，客觀上讓眾多喇嘛和信徒們，接了大明的統治，共同維護西藏的和平與穩定，妥妥一次雙贏，但對藏汗來講，卻是輸兩次。

崇禎六年八月，再次有了帶路黨的三萬明軍鐵騎如烏雲般向拉薩。洪承疇站在軍陣前，神冷峻，宛如一尊殺神。他目標明確，此次藏，不僅要摧毀盤踞於此的藏汗政權，更要從本上重塑西藏的行政與宗教格局。

“傳令下去，圍城一日，務必攻陷！”洪承疇大手一揮，下達了進攻的命令。三萬大軍如水般湧向拉薩城，喊殺聲震天地。

藏汗站在拉薩城牆上，着城外麻麻的明軍，心中充滿了恐懼。他用腳指頭都想明白了，自己本無力抵擋這來勢洶洶的進攻。“這可如何是好？”他焦急地來回踱步，試圖尋找一線生機。

僅僅一天時間，拉薩城便被攻陷。城門在明軍的猛烈攻擊下轟然倒塌，明軍如水般湧城中。藏汗在軍中被殺死，結束了他對拉薩的統治。

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