不論錢士升怎麼想的，朱慈炅向他拋出了全面變更南京八縣制的新制。

在鄉村，徹底廢除了朱元璋的里甲糧長制。里長、里監、里宣令、里巡檢四位從十品員，鄉長，鄉老，鄉監，鄉宣令，鄉訓檢所五位十品員。其中里長、鄉老都是由本地推薦縣衙考核任用。

里長鄉老，負責民間調解，監督風化，組織鄉民等，里監系統負責財務審核，黃冊稅收等事務，宣令系統負責將中樞政策政令傳達，同時向上反應民，以及鄉里教育。巡檢系統負責治安保障等。

在這次防疫中，里長要組織鄉民隔離，負責救疫防疫資分發。里監要統計本里病資料，監督財流向。里宣令要向村民宣講防疫措施，防疫知識，通報疫等。里巡檢要協助組織隔離，同時打擊盜，流竄等活。

到了鄉級這層，鄉長鄉老還要負責安置轄區流民，逃戶。似乎是配合鄉里設，在縣級機構也進行了全面調整。

正七品知縣一人，進士或者考核優秀的下級員提拔。廢除縣丞，改為從七品副知縣，設四人，主管審判調解的法令，主管財務稅收的錢令，主管科舉宣傳的學令，主管治安巡檢的治令。

最讓錢士升震驚的是縣下六房主，全部授，還是相當於縣丞的正八品，副也是相當於主簿的正九品。連屬吏衙役也有了，從十品，十品不等，甚至於原來的巡檢司編鄉里巡檢，原本不流的倉、庫大使，河泊所，醫學訓科，僧會道會，運所大使，教諭、訓導，批驗、驛丞通通給。

從此，南京無吏了，全是。

朱慈炅還公布了員提拔辦法，不僅“以吏為”，吏員還打通了晉陞通道。如果真按照朱慈炅的方案實施，一個人二十歲為吏，如果一路順利，六十以前甚至可以為尚書侍郎。

南京將嚴所謂的師爺幕僚，知縣等員可以據需要配置十品為佐助。

錢士升收到的衝擊還沒有完，朱慈炅直接任命了八位新的副知縣。

南京下轄的衛所除孝陵衛外全部撤銷，衛指揮直接轉任該縣副知縣，也就是治令。

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