朱載坖對於這種以私函理政務的形式早就有所不滿的，之前是為了加強朝廷對於新政的推，朱載坖對於閣以私函理政務採取了容忍的態度的，而從嘉靖以來，閣權力擴張已經是不爭的事實了，張璁、夏言、嚴嵩、高拱、張居正等一眾強勢首輔。他們在朝廷中樞不僅有“專決、 專票擬、專應對”的政治特權，同時還取得了近似於前代宰相的權力，這點是從嘉靖以來的大趨勢。

張居正當時的說法就是：“不榖當事以來，私宅不見一客，非公事不通私書。”很顯然，當時的張居正已經將自己的私函作為一種政務文書質的東西了，閣臣通過私函與在外督直接聯繫，是一個非常之普遍的事了。後來的張四維、申時行等閣臣，也相沿習，使用這種所謂的私函作為理政務的重要手段。

這就是使得這些閣臣的私函極大地增強了其政治屬及功能，並深度嵌至當時朝廷中樞治國理政的制機制中，以致後人論之曰：“江陵秉政，一切機宜皆從書札得之。”

之前有史也上疏討論過此事，認為閣臣使用私函理公務，是不正當的行為，甚至有史和給事中認為這是閣臣專擅，對此申時行也做了解釋：“閣臣以平章政事為職，而用人則政事之大者，故文自京堂，武自參將以上，部臣亦與臣等商量。至於各地方事，若關係重大，督等豈得不與臣等言之？”

當時朱載坖並沒有對此事表達什麼意見，只是將史的上疏予以留中，但是私下裡則是命令廠衛調查此事，申時行和私函聯繫範圍是極為廣泛的，申時行函商的對象涉及到部院、封疆、科道、三司、府縣、外差等各級各類員逾300人，函詢的容涵蓋邊防、賑災、人事、稅賦、兵備、河工等國務諸層面。其數量之多、牽涉之廣、探討之細，在歷朝閣輔臣中堪稱首屈一指。

當然，這也並不能夠說明申時行專權或者是在私下裡背着朱載坖幹些什麼事，其實這已經為了現在朝廷上的一種風氣了，與公開的奏疏相比，員之間的公事私函保更高，且無嚴格的形式要求或時程限制，隨寫隨寄，方便快捷，極大地疏通了中央與地方公務理運行的遲滯，迅速為朝廷中樞決策機制的重要補充。

之前王錫爵也就此事向朱載坖上疏過，王錫爵就認為：“蓋奏疏拘而書札暢，奏疏板而書札活，奏疏僅可一二而書札不嫌於再三，奏疏或虞泄而書札他人無從見。”

這種私函確實是有一定的好的，主要就是便於下上達，對於朝廷來說，有些事是不便在這種私函當中進行解釋的，凡軍國大事或治下疑難雜症，部院封疆等大臣在正式向朝廷奏事請旨之前，往往會先與閣輔臣，尤其是要與“主票擬”的首輔進行深的“私函”通。反向同理，閣輔臣們為了推國家重大決策或指揮公務，也會通過“私函”，事先徵詢部院主、封疆大吏、科道領袖、致仕重臣等的意見。雙方在信函往複之間，或相互籌商或彼此詰辯或互訴衷腸，直至雙方商榷出基本思路，再經奏本或題本正式上報朝廷。

這樣其實就是在大明的制度之外形了一套特有的政治協商制，閣、部院和督們通過私函流政務，先儘可能的達一致，然後在加以實行，這樣才能夠儘可能的保證朝廷的政策能夠迅速加以實施，從這個角度來說，這些私函是有一定效果的。

但是這樣也使得朝廷的決策模糊，甚至一些政策的實施被打了折扣，督通過向輔臣私函奏事，不經由朝廷和通政司，使得整個朝廷中樞到蒙蔽，尤其是皇帝，對於政策的執行況是一無所知的，這點朱載坖是不能接的。

所以對於這種況，朱載坖認為要嚴厲予以整頓，同時這種私函理公務也是有很大風險的，這種形式完全依賴輔臣執政能力和個人威，當輔臣個人朝堂聲和施政風格出現負面變化時，對政務也產生了消極影響。

對於嚴徐高張乃至於其後的張四維、申時行等人來說，自然是還能夠掌握朝局，但是一旦遇到一個格比較弱或者是無法控制局面的首輔，這些所謂以私函理公務的形式就無法推行下去了。

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