朱載坖於是決定賜武田勝賴以安姓，賜名為安恭誠，加封武田勝賴為龍虎將軍、都督僉事、倭奴都統使司副使，給錢十萬，甲胄三百，火銃三百等賞賜，表明大明對於武田勝賴的重視，而對於方逢時倭奴都統使司七宣司的設置，朱載坖也予以同意，命令方逢時在倭奴酋長之中選擇恭順的酋長擔任宣使。

除此之外還是要加強大明在倭國的存在，充實衛所，加強朝廷對於此地的控制，對於大明在原倭國上所設立的府州縣，朱載坖命令設立安東布政使司、按察使司、提學使司等衙門予以管理，與安東都指揮使司一道構大明的行政、軍事系，同時在安東布政使司開科取士，將這些倭奴酋長的子弟選送各級學校和國子監學習，加強對於他們的同化。

同時對於不恭順的酋長，要立即採取措施，會同倭奴都統司出兵征討，由於現在的倭奴都統使年齡尚小，不能履行職務，朱載坖命令倭奴都統副使安恭誠暫代都統使，統轄各土司，與軍一道討平不臣。

除了解決倭國的問題之外，西域也是重要的問題，雖然李梁已經奪取了西域，但是也耗盡了糧秣，現在的當務之急不僅僅是增兵，更加重要的是運輸糧秣，朱載坖一面命令陝西、甘肅、寧夏等地轉運糧秣，由兵站都司經由嘉峪關、哈向西域轉運，同時督促張學迅速將從蒙古向西域補充糧秣的路線清楚，加強朝廷的運輸能力。

同時西域經略吳兌也向朝廷上疏，請求在烏魯木齊地區築城屯墾，為軍日後的征戰提高條件，吳兌認為原本的台舊城已經不能適應大明的管轄了，要在沿河修築一座新城，同時在附近屯墾，朱載坖同意了吳兌的上疏，命令吳兌在烏魯木齊地區擇定地點，興建城池，仍舊用台之名，設立台府，作為大明在西域的行政、軍事中樞，將西域經略、提督等衙門遷移到此。

同時通過雲中辦事大臣張學和土默特部通，希由土默特部派遣使者和和碩特部等予以涉，以和碩特部和大明封貢為條件，採取羈縻的形式對和碩特部加以控制，使得和碩特部能夠作為大明的藩籬，同時朱載坖還在與重臣們商量移民的事。

由於現在大明的人口多在南方，而經過幾大規模的移民之後，北方的流民已經很了，而且西域等地一向被地的百姓視為苦寒之地，不到萬不得已是不願意去的，之前中原、北直隸等出流民眾多，百姓沒有土地可以耕種，在這種況下，朝廷以土地作為，還可以使得一些百姓願意移民到遼東、吉林等，而現在隨着工商業的發展，各種工場也需要大量的勞力，在這種況下現在大明不是流民問題，而是勞力短缺的問題，這點已經是有所顯現了，除了軍戶之外，朝廷似乎也沒有太多的人力可以調了，這點確實是制約大明消化這些領土的一個重要因素。

而這些困難也確實為朝廷和民間反對大明在西北、東北用兵的現實理由，很多員認為這些土地得之無益，畢竟現在大明的領土並不小了，而且就西域而言，大部分的土地確實都是荒漠，沒有開墾的價值，同時現在綢之路已經不通了，原有的商貿功能也不存在了，而西域距離大明地又實在是太過於遙遠，輸轉運對於朝廷來說確實是一個很大的負擔。

尤其是在今年朝廷再次大規模增兵的況下，對於西北各省來說確實是存在一定的負擔，所以對於是否支持用兵，尤其是增加朝廷在西域的兵力這個問題，朱載坖認為有必要予以討論了，朱載坖首先命令閣主持部院重臣們討論此事，同時命令軍機也要討論此事，從短期利益來說，經略西域絕對是一件得不償失的事，朝廷要投巨資，但是能夠收回的本十之一二，這點朱載坖並不否認。

但是就現在朝廷的針對西域的反對已經主要是兩個看法，邊疆無用論、得不償失論，朱載坖命令軍機從國防地理上對於西域的重要予以闡述，西域和東北是大明日後國防的一個重要屏障，只要西域在手中，依靠天山等山脈的天險，陝西等西北數省都到保護，為陸省份，可以安心發展，而蒙古則到大明三個方向的力，在這種況下，蒙古勢力將不再能夠為大明的北部邊患，可以極大的節省朝廷軍費和各種開支，同時保證消弭邊患。

而西域也並非只能投，沒有產出，依靠冰川和各種陸河流，西域一樣可以發展農業，同時西域的環境更加適合種植棉花，日後可以為大明重要的棉花來源，這點是非常之重要的，雖然在西域的投很大，見效也很緩慢，但是肯定是有回報的，當然，對於大明來說，最大的現實利益就是消弭邊患，這點也是朱載坖出兵西域的直接目的。

儘管現在大明已經和土默特部達了封貢，但是蒙古的威脅是始終存在的，朝廷仍舊要在九邊屯駐重兵，針對一些人說的：“西域乃化外之地，茫茫沙漠，赤地千里，土地瘠薄，人煙稀。朝廷傾全國之力，徒然收數千里曠地，增加千百萬開支，實在得不償失。”

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