方逢時也很快作出了調整，第一件事向倭國的大名們通報此事，明確告知他們大明必將報復此事，警告這些倭國的地方勢力不要自作聰明，有參與此事的，主向朝廷坦白，尚可被寬宥，執迷不悟的，天兵到來之日，必痛加誅戮，而對於一些對大明相對恭順的倭國地方勢力，如上杉景虎、武田勝賴等，也要加以安，只要與此事無關的，大可不必因此驚慌，朝廷不會大肆株連的。

同時派遣幹校尉，嚴監視倭國的公卿、王族等人，敢有異，立即採取措施，而丹羽長秀很快就將八條宮智仁抓住送來了，他不過是個小孩罷了，平時趕在沒人的地方喊喊驅逐大明，恢復天皇，但是等到大明真的派人在抓他的時候，早就嚇得篩糠了，除了向自己的爺爺、哥哥求救之外，沒有任何辦法，而那些所謂的秀吉餘黨，也早就逃亡了，他們是很清楚軍的戰鬥力的，對付這些浪人，是綽綽有餘的。

方逢時對他沒有任何興趣，直接把他給了朱應楨，任由國公理，朱應楨是世家子弟，堂堂大明國公，在大明都是橫着走的存在，再加上是天子欽差，皇帝親兵，還從沒吃過這麼大的虧，當然要把錦親軍的絕學給八條宮智仁好好一手了，在朱應楨的教育下，八條宮智仁很快就代了實，他只不過是個傀儡而已，真正在幕後縱此事的，是他的爺爺正親町。

這老賊對於大明軍常駐倭國和削去倭國國王天皇稱號極為不滿，一直在招降納叛，試圖恢復自己的權勢，而倭王對此事也是心知肚明的，朱應楨將相應的供狀宋方逢時，同時奏朱載坖，請求聖裁。

而朝廷的詔令也抵達了京都，在朱載坖的上諭之中，對方逢時、劉綎予以了嚴厲申斥和分，奪方逢時保兼太子太保、兵部尚書職，降三級以兵部左侍郎革職留任，以觀後效，奪劉綎太子太保、左都督職，以總兵銜革職留任，以觀後效，朱載坖明確警告道：“若仍失機致敗，損傷國威，天威降臨，必加誅戮！爾其盡心竭力，為父母兄弟妻子思量也！”

同時就是對於倭國事務的一系列安排，還有朝廷增派援兵的計劃等都詳細告知了方逢時等人，和方逢時所料不差，朱載坖早就忍耐不住了，這次朱應楨遇刺，顯然是給了朱載坖機會，對於倭國加以整頓了，朝廷這次增兵八萬，就是為了穩定倭國的局勢，將倭國所謂王室予以剪除，為日後大明郡縣倭國創造條件。

方逢時當然明白朱載坖的意圖，作為安東都護，他有謀划方略的職責，所以方逢時向朱載坖上疏條陳倭國善後事務，方逢時所提出的第一點就是將安東都護的駐地從京都遷移到江戶，京都是原倭國都城，在倭國地，從地理上說確實有一些優勢，如京都大部分地區都位於京都盆地之，京都除南方之外三面環山，京都盆地東部也因其地勢較高且較為乾燥適宜居住，所以倭人認為京都適宜作為都城。

但是方逢時認為，大明經略倭國的話，京都就不太適合了，從氣候上說，四季的氣溫及降雨量變化相當顯着。加上京都位於盆地，讓這一特徵現得更為明顯。京都夏天炎熱且，相對地，冬天則較為寒冷且偶爾會下雪。京都的春季開始於三月中旬，這一時期櫻花盛開，和秋季並為也是京都觀客最多的時期。從六月中旬左右開始至七月底，京都進悶熱的梅雨季節。然後便進炎熱且晴朗的夏天後半。冬季也比較寒冷。

當然這些不是主要的，主要原因是京都是倭國舊都，這裡必然存在很多倭國的老，他們對於大明是懷有刻骨仇恨的，而且深居地，對於大明來說並不方便，畢竟軍的給養以及命令的傳遞很多時候需要的是水師，而京都在倭國腹地，這就影響了安東都護和朝廷的流，還有後勤補充，援兵調集等事項。

所以方逢時建議，將安東都護移駐江戶，本州島東部，關東平原南端，南鄰東京灣，大致位於倭國列島中心。東部以江戶川為界，與千葉縣相連；西部以山地為界，與山梨縣相接；南部以多川為界，與神奈川縣相鄰；北部與埼玉縣相連。

從氣候上來說，江戶四季分明，降水充沛。春季整以晴天、薄云為主，偶爾雨。在梅雨季時易滯留鋒面影響，長期降雨。梅雨季過後即進夏季。夏季東南季風影響，降水較多，高溫炎熱，並時常有颱風侵襲。秋季颱風、秋雨鋒面的影響，容易下雨。冬季前後，低氣通過，易發生強風；因江戶位於背風面，雨或雪的日子比較，大多是晴朗乾燥的日子，同時是全年之中雲量最的季節。

同時江戶擁有便捷的水運和港口，這些對於軍和安東都護來說都是極為重要的，從地形上來說，江戶的地形由東至西可以大致分為中川低地、武藏野台地、多丘陵、關東山地四個部分。中川低地位於武藏野台地和下總台地之間，包括了江戶的東部地區，是由利川分流江戶川、荒川等河流沖積形。而且江戶的地形屬於典型的平原類型，位於本州島東南部的關東平原，由利川、荒川等河流沖積形，地貌包含沖積平原和洪積台地（如武藏野台地）。這些地方地形平坦，便於軍屯墾，是合適的地點。

。的作面後便方，安以予要是還為認時逢方，的慌恐為極是下上廷朝國倭得使這，了絕拒以予都們他是但，諒原求祈，禮送人等楨應朱、綎劉、時逢方向次多經已王國國倭子日些這，手備準就，達抵兵援的軍到等，備準極積是也時逢方，外之些這了除