在勛臣們到重創之後，皇帝對於軍隊的控制確實到了很大的影響，從土木之變後，大明文貴武賤的格局就開始形，文和兵部的權力就逐漸倒了勛臣們和五軍都督府，這點其實朱載坖是很清楚的，大明的歷代皇帝，也都在思考怎麼加強對於軍隊的控制。

主要採取了設立自己的親兵，甚至以太監監軍，試圖加強對於軍隊的控制，從憲宗到世宗，都在採取不同的辦法加強對於軍隊的控制，但是收效甚微，一直到了朱載坖才對於軍隊加強了控制。其實朱載坖的辦法並不複雜，首先就是提高軍隊的待遇，保障軍餉，這點說起來容易，但是真正做起來就是知道絕不是那麼容易的了。

大明軍百萬，不僅僅有軍餉，還有口糧、軍、甲胄等等，每年索要花費的錢糧數以千萬計，之前的歷代皇帝們，哪個不清楚軍隊要花錢？他們都清楚，沒有軍餉的軍隊就絕對談不上忠誠，世界上沒有無緣無故的，忠誠也是如此，忠君國也不能當飯吃。所以要想軍隊忠誠，首先就是要保障軍餉，大明軍之前嘩變頻發，主要就是為了鬧餉。

然後就是培養軍隊伍，為什麼文能夠輕易把持軍事權力？主要原因就是大明的軍們的之前太過於拉了，勇於撈錢，怯於作戰，別說文，就是皇帝也無法信任他們，所以朱載坖一方面加強勛臣襲爵和勛臣的能力培養，任用一些勛臣武將掌兵，恢復大明以勛臣領兵的傳統。

其實這點也是繼承嘉靖的傳統，嘉靖繼位之後，對於勛臣就採取了大力扶持的態度，不僅僅為之前的開國功臣復爵，國公朱希忠、朱希孝兄弟，還有武定侯郭勛等人，都是加以重用，同時還恢復了勛臣出外任總兵的傳統，朱載坖即位之後，對於嘉靖的這些政策都予以延續，同時為勛臣更新，培養了以馬芳、戚繼、李梁為主的新一批勛臣，強化對於軍隊的控制，還通過武學，將原本屬於兵部的衛所軍世襲和軍的選任大權予以收回了。

朱載坖通過各種方式，將軍控制了起來，實現是皇帝對於軍的直接掌控，從這點來說，朱載坖做到了之前幾代帝王都沒能做到的事，這點也是朱載坖為什麼可以對朝臣採取相對強勢態度的原因。

而對於朱翊釴這樣的後繼之君來說，掌握軍隊確實是有些難度的，這點朱載坖還是比較清楚的。所以朱翊釴需要朱載坖的幫助才能夠將軍隊掌握住，以保證日後朱翊釴的權力，朱翊釴首先是要在軍中建立起自己的班底，雖然朱載坖在之前幫助朱翊釴組建軍，通過一系列的辦法增加朱翊釴在軍中的影響力，但是朱翊釴由於從小所接的教育，朱翊釴對於軍隊是不怎麼上心，或者是不願和軍中的大將接的。

這些也是朱載坖很擔心的事，所以這次朱載坖要幫助朱翊釴在軍中建立起相應的威，同時給朱翊釴示範一下皇帝應該怎麼使用自己手上的武力，朱載坖之前就和朱翊釴說過了，殺人還有誅心，可是誅心應該怎麼誅，是一個技活，朱載坖這次準備給朱翊釴詳細示範一下。

朱載坖對於這些人的爭執一概不理，和戚繼等人詳細規劃秋的事，戚繼年歲也不小了，所以朱載坖讓和自己一道在幕後，這次也應該讓這些年輕人臉了，朱載坖對戚繼說道：“莒國公以為，國朝後輩之中，由哪些堪為大將的人選啊？”

戚繼仔細思量了一下，向朱載坖介紹了一下現今朝廷後輩將領的況，總的來說，大明現在老中青三代將帥還是比較齊全的，如戚繼、李梁這樣的老將，他們都屬於老一代的將領，而比他們要稍微年輕一點的，就是鄧子龍、吳惟忠、張元勛、黑春等將領了，他們基本上都是原來馬芳、戚繼、李梁的部將所長起來的，實戰經驗富，都是砍人頭積功升上來的，他們都是屬於老派的將領，經驗富，但是沒有接過系統的軍事教育。

而稍微年輕一些的將領主要就是勛臣們了，如英國公張元功、劉綎、俞咨皋、戚金、李如松、馬棟等人，他們既有家學淵源，也接過系統的軍事教育，是未來軍征戰的主力，也是朱翊釴能夠倚仗的軍將領，其次就是大量接過武學教育的中低級軍和衛所的世襲軍們，他們數量龐大，是軍基層軍的主要來源，也是軍未來統帥的來源之一。

經過十多年的培養，在朱載坖和俞大猷、戚繼等人的努力下，建立起了從各軍兵種武學到國子武學的軍事教育系，基層軍的選拔任用和衛所世襲軍的襲職等，都有了相對嚴格的規定，五軍都督府和練兵軍務分領衛所和鎮協軍的格局已經形，兵部已經重新回歸到軍政機關的職能上去了，對於這點，朱載坖深自豪，這是自己老爹都沒有做到的事，但是被朱載坖所做到了。

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