朱載坖認為，巡作為一省直長，當然是要在轄區擁有絕對的權威了，否則不足以領導布按二司和相關的府州縣，但是巡的權威不能夠和朝廷的威嚴相抵，部院是肯定有權力直接指揮地方的布按二司幹活，這點巡不能夠超越部院的權威，巡們必須明白一個問題，就是巡們本質上是朝廷派往地方的高級言，雖然現在朝廷已經將督作為一種定製了，但是部院的權威仍然是不容挑戰的。

這點也得到了閣和部院重臣的支持，對於他們而言，最擔心的就是出現重外輕的局面，這樣的局面對於朝廷是極為不利的，這些重臣們的看法也是認為應當要保證朝廷的權威，巡在地方政務中主要起到監察和督促的作用，領導布按二司切實執行朝廷的命令，作為朝廷派遣的高級言和部院重臣，為朝廷監察地方員的行政。

在這個意圖下設立巡衙門的架構和屬、屬吏，而總督的職權則更加傾向于軍務，一般是不負責管理地方的行政事務的，所以總督衙署的屬、屬吏設置還是要圍繞軍務和邊防設立，至於應該怎麼設立，朱載坖由閣和部院商量此事。

而現在朝廷之中還有更大的事要理，就是原督師南京武英殿大學士張四維服喪守制，現在要派遣一位大學士坐鎮南京，以督促朝廷的各項政策推行，但是朱載坖卻找不到一個人選出鎮南京，現在閣就四個人，首輔張居正，次輔潘晟、閣臣申時行和余有丁一共四人。

張居正作為首輔，自然是不能夠出鎮南京的，而潘晟是浙江新昌人，申時行是南直隸蘇州府人，余有丁是浙江鄞縣人，他們都是東南出，按照大明任的迴避政策，是應該要迴避的，這就造了現在閣無人可派，必須要增補閣臣才行。

對於張四維的丁憂，最輕鬆的自然是首輔張居正了，張四維這一去，至是三年之無法回朝了，就對張居正無法構任何威脅了，現在督師大學士出缺，張居正請求朱載坖廷推閣臣。

但是朝廷部也有不同的看法，有些人認為督師大學士原本就是權宜之計，現在朝廷安穩，東南又沒有戰事，再設立督師大學士已經沒有必要了，督以及州縣完全可以將東南治理好，對於這種想法，朱載坖嗤之以鼻，本沒有理睬，直接命令閣部重臣以疏舉薦人才，朱載坖酌選用。

而現在閣臣人選的重點無外乎幾人，張居正舉薦的是直接被高拱表所推薦了禮部右侍郎兼翰林學士沈鯉，朱載坖當然明白張居正的意思，這些嘉靖四十年以後的小字輩，本不會對張居正的權力構任何威脅，而且沈鯉是河南人，用他出鎮南京沒有迴避的問題，之前又有高拱的表推薦，張居正這是向朱載坖示好，顯示自己大公無私，沒有黨羽。

而申時行則是舉薦國子祭酒兼詹事府詹事王家屏，這倒是出乎了朱載坖的意料之中，朱載坖原以為申時行會推薦自己的同科兼死黨許國、王錫爵等人，尤其是王錫爵，可是申時行的蘇州老鄉，沒想到申時行卻推薦了王家屏，朱載坖從未聽說過申時行和王家屏有什麼，沒想到申時行推薦了他，這事就有些有趣了。

而吏部尚書張瀚推薦的是禮部右侍郎陳經邦，這位雖然名聲不顯，但是倒是個循吏，而左都史海瑞、右都史楊繼盛、刑部尚書洪朝選等人則是推薦禮部左侍郎署理藩院事羅萬化，看來圍繞着這個閣臣之位，朝廷之上是風波漸起了，而在此時，兵部尚書汪道昆也以老病請求致仕。

這也是朱載坖沒有想到的，汪道昆是朱載坖的近臣了，從裕王府時代起汪道昆就是朱載坖的親近臣子，雖然沒有閣，但是汪道昆在朱載坖心目中的份量是很重的，一直被朱載坖委以重任，擔任兵部尚書的要職，但是這次汪道昆確實是病重無法理事了，朱載坖遣翰林醫前往探視，汪道昆是消之症，現在雙目已經無法視，確實是沒辦法擔任兵部尚書的要職了。

朱載坖得知之後，只得下旨准允汪道昆致仕，然後升汪道昆保兼太子太保、左柱國、特進祿大夫，然後令馮保，準備車駕，親自前往汪道昆府上探，朱載坖以皇帝之尊，親自前往臣僚府邸探，自然是無上榮，不過朱載坖因為汪道昆病重，特意提前下旨，讓汪道昆安心養病，不必出來迎接。

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