對於按察使司和大理寺分司的關係，這個也是這次制大調整的重要問題之一，因為在地方，實際上有三個承擔的司法職能的機關，首先當然是按察使司，其次是大理寺分司，還有就是巡按史，他們之間的關係和他們和府州縣司法員的關係都必須要釐清，否則的話就會產生互相推諉塞責的事。

原本朝廷為了限制地方權力，對於按察使司的司法權力限制的很死，按察使雖然掌管全省的刑名案件，其審理權限僅僅限於徒刑以下(包括徒刑)的案件，徒刑以上的案件必須報到刑部審理。就是怕地方員濫用刑罰，也是朝廷慎刑思想的現。

對於這種慎刑思想，朱載坖當然也是予以認同的，但是這樣一來，刑部的力就非常之大了，大明這麼大，各種案件最後都要上奏刑部和大理寺複核，顯然是不可能的，所以朱載坖認為將部分案件下放給按察使司和大理寺分司，減輕刑部和大理寺的力，同時提高效率，使得刑部和大理寺能夠專註於重大案件和死刑的複核。

朱載坖認為，流刑以下的案件，按察使司審結之後，將人犯及卷宗移送大理寺分司複審，如果大理寺分司複審無誤，即可生效，若大理寺分司複審之後仍然認為有疑點的案子，應該將其上奏刑部、大理寺理。

同時對於死刑的複核，在按察使司上奏刑部之後，大理寺分司也要提審嫌犯，單獨製作相關卷宗，與巡按史一道會審，將大理寺分司複核的況單獨上奏大理寺，以供大理寺在複核的時候參考。

還有一個重要的問題就是要理順地方府和按察司的隸屬關係、權責劃分，朱載坖在和重臣們商量之後認為，縣尉作為朝廷的基層司法員，他們主要負責輕微案件和地方的民事糾紛的理，如杖刑的判決等，縣尉可以立即判決並且執行，徒刑縣尉可以判決，但是必須要報請州府推複審之後，報按察使司複核，但是徒刑以上，就不是縣尉能夠理的了。

徒刑以上，縣尉無權理，只能收集證據、口供等，上呈州府，由推負責審斷，尤其是涉及到人命重案，必須由州府一審之後，上報按察使司和大理寺分司二審才行，同時州縣推也主要接按察使司的管理，而不是正印的管理，目的就是逐漸剝奪正印的司法權，將司法權歸屬於法司而非地方府，州縣正印專註於行政。

而按察使司最重要的職能就是統帥一省的巡檢司和管理戶帖，統計人口，這是朝廷賦予按察使司的重要權力，朱載坖很清楚，按察使司在地方的重要職能是維護治安，而治安的維護主要就是通過各個巡檢司來完的，對於盜匪的緝捕、剿滅，是按察使司的重要職能，負責巡檢司的按察副使要負責對於一省的盜匪剿滅、戶帖登記、巡檢司的訓練，同時和地方府協調，對於大的流寇，與地方府、衛所一道予以撲滅。

對於按察使司下設的各道，也要予以統一，將清軍和整飭兵備合二為一，稱整飭兵備清軍道，負責轄區部的清軍、緝捕逃兵、核實軍籍、檢查軍儲、軍等事項。

還有就是驛傳道，負責整頓轄區部的驛站，保障朝廷的文書轉遞，除此之外，重要的就是總督、巡衙署的吏配置，之前這兩個職務都是欽差質，總督、巡衙門都沒有一定之規，完全是隨心所的設置，巡衙門未設佐貳，日常事務由六房書吏及幕友理，正式編製僅巡一人。

之前很多督也強調：“府衙門不能不用吏役，外衙門不能不兼用幕賓，得其人可收指臂之助，非其人遂切之害。”

但是當過多年督的右都史楊繼盛直接指出這種況的弊端，他說道：“陛下，吏役之設，各衙門不能不用，但用之以任使，百姓畏之如虎狼，且此等人數既多，平日更可倚仗勢朋比為，無弊不滋，無惡不作。”

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