朱載坖一方面命令吏部和相關的部院衙門清理核實大明現在所有的文和職務，同時和閣，還有部院堂還有地方督商量，朱載坖要釐清大明的中央和地方制，各衙門，還有省道府州縣的各級員，設機構也都要予以編定，既要保證朝廷對於地方的嚴格控制，又要控制員的數量，釐清各部門的權責。

首先當然是大明的一縣之地，作為朝廷最基層的衙門，縣是很重要的，州縣員都是親民，其職能涵蓋地方行政、司法及教化，通過分田裡、令貢賦等方式行使治理權 。州縣需恤民、親自理實務，建立民間的擬制親關係與聯結 。親民的施政行為直接影響民生，如革除弊政、調整稅賦，為朝廷政策的實際執行者。

歷朝歷代對於這些州縣親民都是極為重視的，朱載坖也同樣重視這些州縣員，以大明之前的一縣之地來說，設知縣一員，掌管全縣政令；縣丞一員，掌管糧司、徵稅；主簿一員，掌管戶籍、巡捕；典史一員，掌管緝盜、盤詰、監察、獄囚；稅課大使一員，掌管商稅；教諭、訓導一員，掌管教育、選舉；驛丞一員，掌管郵遞；另有訓、醫學訓科、僧會司、道會司、急遞鋪等職能部門，各執其事。

後來朱載坖又增加了縣尉一員，專司刑獄，將主簿的刑獄、安定地方的權力給了縣尉，由縣尉負責地方的兵防、刑獄之事，但是這個縣衙的配置也並不是一定，朱載坖和閣、吏部等相關衙門還有地方督也要一道商量，對於一些地位重要，賦稅眾多，還有於通要道的縣，要據實際況配置員。

如東南等賦稅、訴訟繁雜的州縣，要設置專員來管理這些事，要據實際況，配置管糧主簿，專門負責賦稅的徵收，協助縣令、縣丞徵收賦稅，保證朝廷的賦稅地方的訴訟能夠得到有效的理，同時為了加強對於地方的控制，還要將鄉里的事務直接由主簿等佐貳理，增加典史，直接管理鄉一級的政務，將朝廷的行政機構直接下放到鄉里，加強朝廷對於地方的控制，結束皇權不下縣的傳統，剝奪這些地方士紳們干預縣政的權力。

除了之外，對於縣衙來說，還有數量龐大的吏員和書算、雜役等人員，吏員是由朝廷任用、在吏部註冊、地位低於的公職人員，大致相當於現在的公務員。

書算包括書手、算手，書手又有主文、書等多種稱呼，是從百姓中僉雇，輔助吏員辦理文書、會計事務的人員，大致相當於現在的事業編。雜役多從事跑、緝捕盜賊、收稅等苦力工作，大致相當於現在的輔警。

對於一縣之地的行政來說，吏員是十分重要的，主決策，吏負責執行。大量的刑名、錢穀、行移文書等工作是依靠吏員來完的。基本上的行政事務都是有這些吏員包辦的，所以這些吏員在基層的行政中也是極為重要的，據吏部的統計，現在大明一共的經制吏員是六萬八千餘人，大部分都供職於地方州縣衙門。

吏主要在縣衙的各房科中辦事，理案牘文移事務。縣衙大堂兩側一般設有吏、戶、禮、兵、刑、工六房，政務較為冗雜的縣還從中分出糧科、馬科等。

縣衙中的承發房、架閣庫也設有吏。此外縣中的儒學、巡檢司、稅課局、遞運所、水馬驛、河泊所、倉庫、閘壩等機構均設有吏。

在縣級機構中設置的吏的名目有司吏、典吏、承發、驛吏、攢典等。看似吏員的數量遠遠多於員，但是實際上對於很多縣衙來說，吏員的數量是遠遠不夠的，這是因為朝廷在之前有過明確的旨意：正統元年奏准，天下裁減衙門，每房止存司吏一名，典吏二名。

而實際上，最大的縣也不會有超過30名經制吏。分攤到全國一千多個縣，則每縣平均設吏十餘名，與制度規定大致相符。但是偌大一個縣，僅僅依靠數名員的十數名最多不過三十名的經制吏員，顯然是無法管理的，所以地方衙門大量招募所謂的書算手，來協助府理政務，而這些被雇傭而來的書算往往魚龍混雜。

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