張居正在回鄉守制之前，也向朱載坖上疏闡述了自己的對於新政的看法，張居正認為要繼續推財稅的改革，朝廷改革的重心還是要放到財稅上來，省並稅制，提高折比例，加強對於地方的財政監管，同時推廣一條鞭法。

對於張居正的奏疏，朱載坖溫言安，要求張居正在守制期間，替朱載坖詳細看看新政在地方的推行況，同時有任何事，都可以直接向朱載坖疏奏報。

朱載坖雖然同意了張居正守制，但是並沒有免去張居正的建極殿大學士的職務，同時還給張居正加了湖廣觀察使的職務，這個職務是大明所沒有的，朱載坖給張居正加湖廣觀察使就是讓張居正去看看大明的地方吏治況，尤其是大明實行新政之後，三途並進，朝廷對於地方的控制能力是否得到了加強。

張居正離任之後，李春芳趕奏請朱載坖增補閣臣，按照閣的排序，張居正走後，閣的員是首輔李春芳，次輔殷士儋，閣臣陳以勤、張四維，還有一個督師南京大學士呂調，看似有五個人，但是實際上幹活的人不夠了，呂調督師南京，張四維巡視九邊，陳以勤只想修書，本不管政務。

張居正一走，閣實際上就只有李春芳和殷士儋兩個人幹活，李春芳都快七十了，實在經不起這麼折騰，趕上疏朱載坖要求增加閣輔臣，朱載坖則是派人詢問在京師的養病的前首輔高拱，希高拱能夠重新出山，但是高拱拒絕了朱載坖的邀請，一來是高拱現在大不如前，不願承案牘勞形，二來是現在高拱承擔著組建顧問諮詢會議的重任，相比於到閣去給朱載坖當牛馬，高拱覺得還不如這個顧問諮詢會議好了，畢竟可以給閣當爹，那多是一件事啊。

所以高拱本不願意重新出山，但是現在閣增補閣臣確實是很有必要的，還好張居正走的時候向朱載坖推薦了兩人，禮部尚書潘晟和南京禮部尚書馬自強，朱載坖經過思慮之後，下旨，原南京禮部尚書馬自強遷禮部尚書，禮部尚書潘晟閣預機務。

同時李春芳向朱載坖推薦了國子祭酒余有丁，余有丁在國子祭酒任上，作風強，整頓學風，太學生多喜歡結伴閒遊，怠惰於學。余有丁任國子監祭酒後，覺得國子監學風不振，便嚴加止此類活，並下令諸生相互監督檢舉，如果有違規不報者，則一同連坐懲，學風為之好轉。李春芳認為大明就需要這樣的員，不僅要整頓學風，還要整頓場風氣才行。

朱載坖深以為然，下旨升余有丁為吏部左侍郎署流外銓選院事，負責吏員的考選工作。

同時巡視九邊大學士張四維向朱載坖上疏，嚴厲參劾戶部駐宣大三鎮的管糧郎中、主事，還有三鎮負責軍儲的軍，貪贓枉法，致使邊鎮軍儲缺失，軍糧秣不足，朱載坖攬奏盛怒，責令戶部尚書鄢懋卿、左都史海瑞嚴查此事，朱載坖在上諭中明確說道：“軍儲干係甚大，豈可輕忽？軍糧秣，斷不可缺，涉案吏，一糾劾，送法司嚴審，所虧軍儲，務必補齊！”

張四維作為巡視九邊大學士，當然主要是負責發現問題，而不是解決問題的，朱載坖下旨任命工部尚書兼文思院使嚴世蕃權右都史與戶部左侍郎王國一道，赴山西查辦軍儲虧空一案，朱載坖力排眾議，選擇嚴世蕃和王國兩人也是經過朱載坖的深思慮的，嚴世蕃就自不待言了，當年威名赫赫的小閣老，在貪墨這條賽道上，絕對是妥妥的宗師級人，對於這些小蝦米的手段，嚴世蕃不要太清楚了。

王國也是於會計的人，朱載坖就是要借用他們兩人的才幹，去整肅軍儲，朱載坖很清楚，軍儲一向是大明貪墨的重點，這一本爛賬，可不好弄。

朱載坖專門召見了嚴世蕃和王國兩人，朱載坖問道：“這軍儲一案，二位有什麼看法啊？”

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