經過張守直、劉乾和海瑞等人督率戶部、都察院、府監，詳細清點，逐一辨認之後，假銀和不足的白銀共有十七萬兩之多，無疑為這次太倉被盜案增加損失，不人認為這是此案的案中案，但是朱載坖並不這麼認為。

朱載坖召集了閣輔臣、戶部尚書劉乾、府卿張守直、刑部尚書洪朝選、戶部左侍郎提督鈔關鄢懋卿、戶部左侍郎總理鹽政王國、左都史海瑞、大理寺卿趙錦、錦親軍都指揮使陸繹和太子朱翊釴，商量此案。

現在的問題是戶部假銀案和太倉盜銀是什麼關係，劉乾等人認為是案中案，陸繹、洪朝選等人認為是案外案，朱載坖一樣也認為這是案中案，就現在的證據來看，假銀案中當然有部分是由老庫的庫丁乾的，因為用假銀掉包了老庫木鞘中的存銀，這種手法確實是很像盜銀案的手法，確實很有可能的就是同一伙人所為。

但是外庫的銀兩呢？按理說他們已經在老庫盜銀了，再去朝廷監管嚴的外庫盜銀或者調換銀兩，風險未免過大了一點，朱載坖認為這不像是同一夥乾的。

刑部尚書洪朝選和緹帥陸繹也認為應該同時存在兩個侵吞銀的團伙，從目前太倉發現的假銀來看，主要存在兩個特點，第一就是零散，假銀的分佈非常之零散，外庫、老庫，各年份、各省解來的銀兩混雜在一起。

這就足以說明一個問題，就是這些銀兩不是在進太倉之前被掉包的，因為在驗收外省解京銀兩的過程中，除了驗收，還有一項重要的程序是對銀鞘進行“劈兌”。劈兌之前，由戶部知照工部，約定某一時間由工部派匠役劈開木鞘，以檢驗銀兩。

戶部對於各地和海關、鹽稅等衙門解來的銀兩是逐個檢驗的，如果說假銀是在進太倉之前就存在的話，這些假銀應該是固定的在某些年份和某些省份出現的，而且要是這個造假的人有把握能夠搞定戶部負責驗收的吏的話，絕不會這麼東一錠西一錠去造假的。

所以洪朝選和陸繹都認為，問題肯定還是出在戶部部，盜老庫銀的這夥人肯定也幹了調換假銀的事，但是肯定也另有一伙人在外庫調換假銀。

洪朝選就指出，從嘉靖八年之後，各地解納太倉庫的白銀都要傾銷錠並在其上刻記年月及吏銀匠姓名，而太倉中的假銀卻沒有這些，而且形制不一，顯然是從外間帶太倉用以調換銀的。

朱載坖要求將兩案一起查，此案涉及的人員肯定是非常之多的，時間也會非常之久，朱載坖直接要求陸繹將審不過來的部分人犯送東廠好生打着問，朱載坖直接要求廠衛用刑拷問，對於這些人，朱載坖才不管什麼人權，只要不弄死就行，用刑無所謂了，朱載坖現在是搞清楚事的原委。

同時戶部尚書劉乾向朱載坖請辭，雖然此事和劉乾其實沒有多大的關係，但是言們彈章紛紛，要求劉乾為此負責，劉乾也深知，此事肯定是要有部堂大員來為此承擔責任的，朱載坖也沒有挽留劉乾，批准了劉乾的致仕，同時任命原戶部左侍郎鄢懋卿為戶部尚書，原戶部左侍郎王國加戶部尚書銜總督鹽政、鈔關事務 。

而在太子朱翊釴的督率下，陸繹和錦親軍和馮保的東廠開始抓捕涉案的吏，不僅是太倉的吏，還有戶部的其他吏也被逮捕，同時新任戶部尚書鄢懋卿請求不僅對太倉銀庫予以核查，同時對京通倉等戶部管轄的其他倉庫予以全面核查，查看是否有貪墨的行為。

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