朱載坖命令衛尉寺和錦親軍對這次京班軍士卒的事件進行調查，但是外廷員並沒有就此罷休，不的員仍舊在給朱載坖上疏，極言練兵軍務的不可行，認為京班軍之所以出現問題，都是因為練兵軍務的問題。

河南道史溫純、兵部主事蕭大亨、史李植等人都紛紛上疏，極言練兵軍務在此事中置失當，導致嘩變，對於這種說法，朱載坖並不認同，雖然這次的事很惡劣，但是朱載坖很清楚這些人目的，他們真正的目的是想要給朱載坖力，將練兵軍務廢除，這是絕不可能的，朱載坖不會幹這樣的事。

對於上疏的臣子，朱載坖予以分，溫純、蕭大亨罰俸降調外任，李植等人降調哈、緬甸縣令，以觀後效。

同時陸繹等人也很快將參與嘩變的士卒和有責任的軍名單上奏朱載坖，錦親軍和衛尉寺擬三等，第一等是帶頭鬧事的士卒，衛尉寺擬斬立決，第二等是脅從鬧事的士卒，衛尉寺擬絞立決、流放三千里不等，第三等是負有管束軍隊責任的相關軍，衛尉寺擬罷等分。

朱載坖當即否決了衛尉寺擬定的刑罰，又搞這種只誅首惡，脅從不問的把戲，對於這些士卒已經沒有任何威懾力了，朱載坖這次不準備就這麼輕輕放過這些人了，朱載坖當即批，所涉案犯不分節，不問職務，一斬決，以彰朕嚴軍法，明軍紀之意也！

朱載坖的批到了衛尉寺之後，衛尉卿趙錦、刑部尚書趙文華、左都史葛守禮等人紛紛上疏勸諫朱載坖不要殺人太多，容易引起軍心不穩，畢竟朝廷一向的態度就是只誅首惡，不問脅從，這次朱載坖大規模的殺戮鬧事的軍士，還是沒有過的事。

朱載坖當即批答這些重臣們奏疏，之前為什麼朝廷採取只誅首惡的辦法，那是因為朝廷之前確實是有錯在先，之前為什麼兵變頻發，主要是因為軍長期缺餉、士兵待遇被剝奪以及軍貪腐，這些士卒嘩變，朝廷是有很大責任的，所以朝廷採取相對溫和的理辦法。

但是從朱載坖即位以來，對於軍餉的保障力度前所未有，不僅保障軍餉足額按時發放，還提升了軍餉中本的比例，想辦法提高士卒的待遇，就拿這次的事來說，朝廷並沒有任何對不起士卒們的地方，朱載坖甚至提前發給餉銀，嚴令地方州府保障軍需，到了京師之後命令京通倉及時調撥糧食，朱載坖自問對於士卒們還是不錯的。

但是他們猶不滿足，輒鼓噪鬧事，朱載坖決不能忍，朱載坖親自擬定詔書，要求練兵軍務傳諭三軍，朱載坖在上諭中說道：“說與天下士卒們知道，朕治軍以法，今日之由士卒之驕，而士卒之驕由朝廷威令之廢，朕斷不能容，元惡不除，無以警後，是朕為申軍法，明軍紀，務使國法大，惡逆殄滅，毋得更事姑息，貽禍後方，犯事人等，不分校，一斬決，以彰軍法之威也！”

朱載坖當即傳諭趙錦等人，賜天子劍持節假節鉞，召集三軍觀刑，將涉事的近千人一斬決，以明朝廷軍法軍紀。

同時朱載坖召集練兵軍務的大臣們，制定大明的軍隊條例和修訂軍紀、軍法，大明在建立之初，也曾經有一支軍紀嚴明的軍隊，太祖在北伐的時候就告誡中山王徐達道：“毋殺人，毋攜婦，毋燒房屋， 違者依軍法斬。”開國的名將如中山王徐達、岐王李文忠等人也都是治軍嚴格的人。

太祖皇帝就曾經說過：“用兵必嚴號令，使賞罰明，賞罰既明，摧堅順，易為功。”

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