朱文科於是向朱載坖陳奏了他的想法，從權力上說，正四品的蘇州知府，為朝廷擔守土治民之責， 當徵稅督糧之差，此與別府無異。但是蘇州知府在天下的知府中確實又是一個不一樣的存在，蘇州知府在眾府知府中地位突出，劇郡治效所系，必簡才幹超群者方能勝任。

蘇州的難治，首先就是錢糧的難以征解，蘇州乃是朝廷的財賦重地，朝廷的財源，對於朝廷來說，能夠如數征解錢糧，是最重要的事，但是這錢糧，豈是那麼好征解。

蘇州不但是朝廷的財賦重地，更是科舉重地，蘇州府出的進士們在朝廷中佔有很重要的地位，而他們在蘇州的親戚朋友就是歷任蘇州知府的極為頭疼的事，朝廷要征解錢糧，而員們要包庇自己的親屬，這是蘇州知府的第一難。

還有就是蘇州人口眾多，再加上本地民風好訟，不管什麼事，都喜歡告狀，導致蘇州府及下轄各縣接的案件量非常之龐大，理這些事都極為困難，還不要說其他的各種事務了，這是蘇州知府的第二難。

當然對於朱文科來說，這些事都好解決，他認為這些事還是比較好解決的，朱文科擔任蘇州知府以來，繼續蔡國熙的辦法，嚴厲打擊豪強，推行朝廷新政，在錢糧和訴訟方面做得還是不錯的，和南直隸巡楊繼盛合作也還算不錯，但是對於朱文科而言，最痛苦的就是應付南六部和六部，還有巡按史了。

雖然現在南京六部沒什麼實權，但是對於南直隸的行政，還是有發言權的，有時候南京六部風了也會幹涉一下南直隸的行政，甚至和京師六部反着來，這就搞得地方州縣的員很痛苦的，還有就是巡按史的權力太重了，朱文科本人就是當過巡按史的，現在又擔任州縣正印，對於此事還是有發言權的。

朱文科說道：“陛下，近來各巡按刷卷，公差史多有違越禮分，其各知府有等闒茸貪贓，畏懼糾劾，不顧名分，獻諛進諂。有出郭迎接、下馬路跪候其過者；有照知州、知縣丁立揖拜者；有跪聽發放回答者；有被穢罵凌辱者，各失統，無敢言論。間有執法奉公， 不肯阿諛，卻乃吹求疵，故將首領吏借端凌辱，擅作威福，以為得。似此善惡何由而分？賢士何由而進？非惟有乖《憲綱》，抑且故違禮制。惟陛下深思之。”

對於朱文科的話，朱載坖表示之後會加以調整的，朝廷用史巡按州縣是為了揪出其中的貪污吏，現在巡按史們彈劾地方的貪污吏不得力，但是參與政治倒是熱的很，朱載坖確實早就有心要整頓科道，加強監察了，但是一直沒有來得及，現在朱文科提出此事，朱載坖將這事給張居正，讓他思慮一個辦法來，既要使得科道為朝廷揪出蛀蟲，又不能夠過分影響州縣的行政。

朱載坖問道：“還有什麼為難的？”

朱文科說道：“陛下，還是缺吏，現在蘇州府的員和經制吏人數已經超過千人了，為天下諸府之最，但是仍然捉襟見肘，難以周全。”