除了關稅之外，對於朱載坖來說重要的就是商業稅收了，大明也徵收商稅，主要是通過鈔關的形式加以徵收的，和之前大宋實行的榷制度直通，大明對於商稅不甚重視，對於商業的管理也較為疏，僅僅是規定了一些基本的原則。

太祖皇帝對商稅的祖訓也就只有一條，就是：凡商稅三十而取一，過者以違令論。

大明的商稅是很低的，據馬森統計，隆慶二年大明的商稅稅額是三十七萬兩，還不及鹽稅的三分之一。而且大明的商稅很多時候是定額商稅，之前方鈍擔任戶部尚書的時候就曾經指出過這種定額商稅的弊端，方鈍認為：“地有盛衰，有盈歉。而商稅之徵，率皆定額。 是使其或盈也，黠得以侵欺；其歉也，良善困於補納。”

這種定額商稅會使得員有上下其手，結夥貪污的可能。而對於對於商人來說，也並不公平。因為大明的商稅很大程度上是地方府來徵收的，並不在上繳朝廷的起運中，這就給了地方府以可乘之機。

商稅怎麼征，征多，很多時候並不取決於朝廷，而是地方的州縣員們一言而決，商稅征的多不多，主要是看地方府的長黑不黑了，說大明商稅的，其實是指真正能夠進太倉的商稅，對於商人們來說，他們可並不覺得商稅。

現在的商人，一般分為兩大類， 一類是從事商品販運的行商，即所謂的“行資”商人 一類是坐地經營的坐賈，即所謂的“居鬻”商人。

對於這兩種商人，大明朝廷有不同的辦法徵收稅收，對於行商，大明規定，凡商賈販貨於四方者，必先赴所司起關券。所謂關券，就和百姓路引一樣，實際上是允許行商販運商品的營業許可證明。有營業執照的質。其上要註明行商的姓名、籍貫、年貌、經營範圍、資產狀況、販運地點等。要想取得這個關券，就得向地方州縣繳納一筆錢，至於這個錢有多，就完全看吏的良心了。

取得關券的商人，可以販運商品到異地銷售，路途所經鈔關需主申報販運商品數量，繳納一定的關稅。販運商品到達銷售地，商人並不能徑自將商品在市場上銷售，而必須按規定將商品存塌房、店，納塌房稅和免牙錢，獲得地方府開給的納稅票據後，方能進市場易。

對於行商有嚴格的課稅章程，坐商一樣不能倖免。在城鎮經營店肆門攤的坐賈，定居城鎮開店也須向府申請占籍，並且繳納一定的占籍錢之後，才能夠被准允營業，否則被視為無籍之徒，隨時有被驅逐的危險。

除此之外，還要承擔兩種商稅，一為商品易稅按商 品價格合計易額，三十稅一。這個就是太祖皇帝的規定的商稅稅率。

除此之外，還有一件就是市肆門攤稅，這個稅收到底征多，怎麼征，也是完全看地方府的心的。對於朝廷來說，這些商稅都是和朝廷或者和太倉無關的，真正能夠進太倉的，主要是鈔關的稅收。

大明在各水路要道設置鈔關，向過往的商人收取商稅，以河西務、臨清、滸墅、九江、杭州、 淮安、揚州七為常設的鈔關，商船到關後，先要填寫船單，寫明運載貨的品種、數量、船隻式樣、納稅數目，完納稅手續後，由鈔關發給稅票，方能過關。鈔關的稅收才是能夠進太倉的稅收。

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