除了築城之外，還有就是加強浙江的兵防了。

之前嘉靖准允戚繼在浙江招募營兵，用於倭，但是等到戚繼把兵練出來，恐怕還需要時日，胡宗憲在戚繼練新軍之前還要另想辦法，加強浙江的防備。

在和鄭若曾、徐渭等人商量後，胡宗憲決定向朝廷請求設置杭嚴兵備一員；金衢兵備一員；嘉湖兵備一員； 台州兵備一員；溫兵備一員，五名兵備將浙江劃分為五個地域，統籌防。

同時，在浙江總兵下設分守杭嘉湖參將， 分守溫參將，分守寧紹參將，分守台金嚴參將四名分守參將，在總兵兵備的指揮下坐鎮一方，好讓戚繼專心練兵。

同時，對於浙江的衛所和各水寨，也要加以整頓，朝廷本來在浙江設立了在浙江地區共設十六衛、 三十四守千戶所，其中海寧衛、海門衛、觀海衛、盤石衛、金鄉衛、松門衛、臨山衛、昌國衛、 定海衛作為沿海衛所，有專司備倭的職責。

要是按朝廷的名冊上，浙江的衛所家數量可不算上，按軍籍上的數字，浙江一省各衛有兵五萬八千七百五十餘人，水師力量更是不小，瀕海九衛戰船六百六十艘，可實際上有多，那就只有天知道了。

指浙江的衛所軍估計是不太現實的，胡宗憲等人把希寄托在巡檢司的弓兵上。巡檢司的弓兵並非正規軍，而是地方民兵，由州縣直接掌握。

來源主要有三：其一為均徭簽派，即所謂弓兵者每縣括民丁役之，統於巡檢，這是弓兵來源最廣泛的途徑；其二為募民充役，此種況多出現於倭寇比較猖獗後朝廷加強地方的防能力； 其三永充弓兵，此種途徑所佔比例最小，永充的形式有兩種，一種是在明初僉編的世籍弓兵，一種是因犯罪而被謫發充軍。

巡檢司有沿海和地兩種，沿海巡檢司的設置主要在於備倭。浙江沿海巡檢司有五十餘，分佈於備倭要地。沿海巡檢司雖屬州縣管轄，但是在軍事上衛所的節制。裝備也比地方的弓兵要好一些，這些巡檢司的弓兵由於常年與倭寇作戰，戰鬥力還算不錯。

就是布置的太過於分散了，每個巡檢司只有八十到一百人，胡宗憲決定增加巡檢司的兵額，以一百八十到兩百人為基準，招募民間的驍勇，包圍鄉土。

本來浙江都指揮使司下有專門的浙江總督備倭都司，負責全省的備倭事宜，但是由於現在衛所廢弛，本起不到什麼作用。

胡宗憲還是決定上奏朝廷，要求恢復大明之前的巡海制度。在太祖時期，倭寇也是頻頻作，襲擾大明沿海，明太祖震怒，親自誓師，向海神祈禱後派遣明軍水師巡海殲滅倭寇，太祖皇帝當時的祝詞是：予命上穹，為中國主，惟圖 乂民，罔敢怠逸。蠢彼倭夷，屢肆寇劫，濱海郡縣多被其殃。今命將統帥舟師揚帆海島，乘機征剿，以靖邊氓。特備牲醴，用告神知。

。制節聽悉軍衛諸海沿州 、泉、漳、福、明、台、溫、州杭、倉太及衛各京在統所，寇海捕巡海出師舟衛四軍水、海橫、洋廣、江領，兵總副為顯於事僉督都，兵總為禎吳侯海靖以詔“：倭巡海出始開式正衛四軍水、海橫、江、洋廣，月正春年七武洪