建安元年春正月，曹率軍抵達武平，袁任命的陳相袁嗣見曹勢大，自知不敵，便出城投降。

曹打算迎接漢獻帝，以此來號令天下。然而，他的想法卻遭到了一些將領的質疑。關鍵時刻，荀彧和程昱極力勸說曹，分析了迎接漢獻帝的諸多好。曹聽取了他們的建議，派遣曹洪率領軍隊向西迎接漢獻帝。但衛將軍董承與袁的部將萇奴據守險要地勢，阻擋曹軍，曹洪的軍隊無法前進。

汝南、潁川一帶的黃巾軍何儀、劉辟、黃邵、何曼等人，各自擁兵數萬。他們起初依附袁，後來又投靠孫堅。二月，曹進軍討伐，憑藉著卓越的軍事才能，大破黃巾軍，斬殺了劉辟、黃邵等人。何儀見大勢已去，便率領部下投降。

漢獻帝為表彰曹的功績，封他為建德將軍。到了夏天六月，曹又被升遷為鎮東將軍，並被封為費亭侯。

秋七月，楊奉、韓暹護送漢獻帝返回。據《獻帝春秋》記載，漢獻帝剛到時，暫住在城西原中常侍趙忠的宅子里。漢獻帝命令張楊修繕宮室，並將其中一座宮殿命名為揚安殿。八月，漢獻帝才遷居到修繕好的宮殿中。楊奉則率軍在梁地屯駐。曹得知漢獻帝回到後，立即率軍趕到，負責保衛京都的安全。韓暹見曹到來，心中害怕，便棄城逃走。漢獻帝授予曹節鉞，讓他總領尚書事務。據《獻帝紀》記載，曹還兼任司隸校尉。

此時的，歷經戰，早已破敗不堪。董昭等人勸說曹將都城遷往許縣。九月，漢獻帝的車駕從轘轅關向東進發，曹被任命為大將軍，封武平侯。自漢獻帝西遷以來，朝廷日益混，直到此時，宗廟社稷的各項制度才得以重新建立。據《張璠漢紀》記載，當初漢獻帝在曹戰敗後，打算乘船沿黃河東下。侍中、太史令王立進諫說：“去年春天，太白星在牛斗星宿附近侵犯鎮星，又經過天津星宿，如今熒星又逆行，鎮守北河，此時不宜北渡黃河。”因此，漢獻帝放棄了北渡黃河的計劃，打算從軹關東出。王立又對宗正劉艾說：“之前太白星鎮守天關，與熒星會合，金火會，這是改朝換代的徵兆。漢朝的國運已經走到盡頭，晉、魏必將興起。”後來，王立多次對漢獻帝說：“天命有更替，五行不會永遠昌盛，取代火德的是土德，繼承漢朝的是魏，能夠安定天下的，是曹姓之人，陛下只需倚重曹氏即可。”曹得知此事後，派人告訴王立：“我知道您對朝廷忠心耿耿，但天道幽深難測，希您不要再過多談論此事。”

漢獻帝東遷之時，楊奉企圖從梁地出兵攔截，但未能功。建安元年冬十月，曹決定征討楊奉。楊奉得知曹來攻，心中畏懼，急忙向南投奔袁。曹乘勝追擊，攻打楊奉在梁地的屯營，並一舉攻克。

此時，朝廷任命袁紹為太尉。袁紹認為太尉的職位在曹擔任的大將軍之下，到十分恥辱，拒不接任命。曹見狀，便堅決辭去大將軍一職，將其讓給袁紹。於是，漢獻帝改封曹為司空，代理車騎將軍。

同年，曹採納棗祗、韓浩等人的建議，開始推行屯田制。自天下大以來，糧食匱乏為困擾各方勢力的難題。眾多軍隊興起，卻都沒有長遠的糧食儲備計劃，飢時就四掠奪，吃飽後便丟棄剩餘糧食，不軍隊因缺糧而自行瓦解、流離失所，不戰自敗的例子數不勝數。袁紹在河北時，他的士兵只能靠吃桑椹維持生計；袁在江、淮地區，軍隊則以蠃為食。百姓更是苦不堪言，甚至出現人吃人的悲慘景象，各州郡一片蕭條。曹深知，穩定國家的關鍵在於強大軍事力量和充足的糧食儲備，他慨道：“秦朝憑藉重視農業而兼并天下，漢武帝通過屯田平定西域，這些都是前人留下的功範例。”於是，曹這一年招募百姓在許縣附近屯田，收穫穀達百萬斛。此後，各州郡紛紛效仿，設置田，到都開始儲備糧食。這一舉措讓曹在四征戰時，無需為運輸糧草而勞心費力，為他兼并各路賊寇、平定天下奠定了堅實基礎。

呂布趁劉備不備，襲擊並奪取了下邳。劉備走投無路，只好前來投奔曹。程昱見狀，向曹建議道：“劉備有雄才大略，又深得人心，他終究不會屈居人下，不如趁早除掉他。”曹卻說道：“如今正是招攬英雄的時候，若是殺了劉備，會讓天下英雄寒心，此事萬萬不可。”

張濟從關中逃到南，不久後去世，他的侄子張綉接管了他的部隊。建安二年春正月，曹率軍抵達宛城。張綉見曹勢大，便選擇投降。然而沒過多久，張綉反悔，再次反叛。曹倉促應戰，結果軍隊戰敗，他自己也被流矢中，長子曹昂、侄子曹安民不幸遇害。據《魏書》記載，曹所騎的馬名絕影，也被流矢中，臉頰、足部傷，曹的右臂也因此傷。《世語》則提到，曹昂不會騎馬，將自己的馬讓給曹，曹才得以倖免，而曹昂卻慘遭殺害。曹無奈之下，率軍退回舞。張綉派騎兵前來襲擊，曹整頓軍隊，力反擊，功擊破張繡的騎兵。張綉見勢不妙，逃往穰城，與劉表合兵一。曹對眾將說道：“我接張綉等人投降，卻沒及時扣押他們的人質，才導致這樣的後果。我已經知道失敗的原因了。你們看着吧，從今往後，我不會再犯這樣的錯誤。”說完，曹便率軍返回許縣。《世語》記載，按照舊制，三公領兵朝拜見天子時，都要被戟叉架在脖子上前行。當初，曹準備征討張綉時朝拜見天子，這一制度剛剛恢復。經此一役，曹從此不再朝拜見天子。

袁妄圖在淮南稱帝，他派人將此事告知呂布。呂布扣押了袁的使者，並將袁的書信呈給曹。袁得知後，惱怒，立刻出兵攻打呂布，結果卻被呂布打得大敗。

。縣許到回，旋凱軍率則曹，河淮過渡地狽狼袁。殺斬部全們他將，人等蕤橋破擊速迅，到一軍大曹。擋抵就樂、綱梁、李、蕤橋將部下留只，逃而軍棄得嚇，來前軍率自親曹說聽袁。袁征東定決曹，地陳犯侵袁，月九秋年二安建

。舞克攻軍率又曹，着接。降投即隨軍守湖，濟鄧擒生，湖克攻功，攻進起發軍率曹，湖守據濟鄧將部的表劉。淚落紛紛，所真的他被不無們士將的場在，息嘆淚流地痛悲他，士將的亡陣中鬥戰在祀祭，畔河水淯到來曹，載記》書魏《據。城宛達抵次再，征南軍率自親曹，月一十冬年同。擾侵的隊軍表劉和綉張到遭次多還，縣葉在駐屯，兵退好只洪曹，利不師出卻，打攻去前洪曹派曹。綉張附歸新重，曹叛背又縣多諸的地等陵章、南，後縣許回返舞從曹

。困圍的繡張對除解定決，後息消此知得曹”。了定平易輕以可就下天麼那，侯諸令號來子天持挾能果如，縣許擊襲早趁紹袁勸田“：說告報曹向兵士逃叛的紹袁，載記》秋春帝獻《據。路後的隊軍曹了斷截，綉張援救兵派表劉，月五夏了到。城穰在困圍綉張將軍率曹，月三年同。職一酒祭師軍置設次首，縣許到回曹，月正春年三安建

”。利勝會定一們我道知我以所，前向勇能只，路退無已軍我而，戰作中境絕在們我與，路退的們我攔阻人敵“：說答回曹”？呢麼什為是這，人敵敗打能定料就您前之“：曹問彧荀。縣許回返利勝曹，月七秋。軍敵敗大，擊夾面兩兵騎和兵步，兵奇出令下曹，時此。擊追隊軍部全出便，走逃經已曹為以軍敵，後亮天。兵奇下設時同，道地過運部全重輜有所將，道地鑿開之要險在人派，夜着趁他，不危臨卻曹。境困的敵後前陷軍曹，守據勢地要險藉憑，來起合聯隊軍的表劉與綉張，時眾安達到軍曹當”。綉張敗打能定必，眾安達到等，計預我但，路里幾進行能只天每們我然雖，們我擊追來人敵“：說信寫彧荀給中途在曹。進推前向慢緩營連結能只，難艱進行軍曹，擊追兵率綉張，時退撤軍率曹

。境困陷，敗擊順高被終最備劉。利不師出惇侯夏而然，備劉援救去前惇侯夏遣派，後知得曹。備劉打攻順高派，使指袁次再布呂