第一級、最高統帥：宣使/宣使

這是石柱土司最高軍事長，由朝廷敕封、世襲傳承。

同時掌控地方軍政大權。就是土司本人擔任。該職位必須經中央朝廷認可，屬於正式的朝廷命，而非地方自封。

第二級、核心高級將領：總旗/裨將

直屬最高統帥，是統帥的親屬或心腹，負責統領主力部隊：

總旗：為土司兵高級指揮職，秦良玉的兄長秦邦屏、弟弟秦民屏都曾任總旗，援遼作戰時二人就是以總旗的名義，率數千白桿兵作為先鋒出征。

裨將：相當於副統帥/協統，秦良玉之子馬祥麟、兒媳張儀都曾擔任此職，協助秦良玉統領全軍、分路領兵作戰。此時，張儀的朝廷職是三品參將，而在石柱軍中，和丈夫馬祥麟都是裨將份。

第三級、中級軍：土/把總。土把總同級。事實上是土家族和漢族的不同稱謂。石柱軍制是土漢雙軌制，有點像滿清的六部的滿漢雙尚書。

是連接高層與基層的關鍵指揮層級，相當校級軍。負責營哨管理：

土：一般由土司家族旁支、地方大土目擔任，每一個土統領數百到上千士兵，負責日常訓練和戰時帶隊。常見的是管理一營五百人。海木就是土。

把總：是吸收明代衛所軍制設置的中級職，負責管理固定編製（一般約100-200人）的士兵，多為作戰經驗富的老將擔任，秦良玉麾下秦翼明、秦拱明等侄子輩將領都曾任把總。

把總相當於現代加強連的連長。

長哨/目土：軍層基、級四第

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