所以清軍在明軍到來前，提前派出了悍將台州副將常進功率兵兩千人登島，並讓從福建趕來支援的福建水師金士福和倪起龍兩部駐軍在雙嶼港，接常進功的統一指揮和調度，大大增強了六橫島上的防守力量。

明軍主將張煌言吸取了上次北進吳淞的失敗教訓，戰前派出了大量的人馬對清軍的部署進行詳細的偵察，第一時間便得知了六橫島上的清軍實力增強的消息。

張煌言經過與部下們商議之後，得出結論，認為奪取六橫島的關鍵，則是在於擊敗清軍福建水師力量。

而一旦擊敗了北上的清軍福建水師偏師，清軍浙江水師孫繼部又被明軍水師周朝瑞擋在了橫水洋以東洋麵，明軍薛去疾部水師便可以掌控制海權，截斷清軍的後援路線，明軍的陸師則可以趁機對孤立無援的六橫島發起總攻。

按照張煌言的思路，薛去疾命令部下游擊湯之翰率領所部水師對清軍水師進行試探攻擊，清軍水師中的鄭軍投降將領倪起龍仗着所部船堅利炮的優勢，選擇出港與明軍水師，雙方水師一度在佛渡水道發生大戰，激戰半日後，明軍水師開始“向後敗退”。

可能源自於南方水師對於北方水師固有的偏見，倪起龍帶領清軍水師對着“潰逃”的明軍水師追不捨，並且派人向自己的上司金士福說明況。

清將金士福之前沒有參與到第一次“中左所之戰”，此時正是存在“立功之念”，只是在派人通知島上清軍主將常進功以後，竟然將港的數十艘清軍船隻帶出，尾隨倪起龍所部而去：

清將金士福表面上是為“追擊敵軍”的倪起龍所部提供掩護，實際上是想趁機擊敗明軍水師，從而立下“不世之勛”。

卻不料明軍水師湯之翰所部帶着清軍水師兜着圈子，利用剛剛北上的福建水師對於舟山水域環境不的時機，將清軍水師引到了蝦峙島一帶的淺海區域。

明軍甚至將汐時間也計算在，等到汐退卻，數十艘擱淺的清軍福建水師大船，頓時為了明軍的靶子。

為了掠奪更多的船隻備用，明軍先是集中炮火轟炸了清軍將領倪起龍的座艦和附近的護衛艦，當場造了包括清將倪起龍在的數百名清兵的陣亡；

隨後趁着清軍水師群龍無首的況，派出了大量的小船靠近清軍擱淺的船隻進行跳幫作戰，逐漸俘獲了數十艘清軍海船。

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