為了徹底掌控這座大明王朝的“留都”，也為了確保自己推行的新政能夠在江南這片財賦重地順利推行，崇禎皇帝立刻下旨，對南京的軍政人事，進行了大刀闊斧的調整。

他命神武軍指揮使周經武，暫代南京守備勛臣之職，總攬南京城外所有兵馬，全權負責城防及彈地方不法之責！

他又命東廠南京分署主李有，會同剛剛率部抵達南京的西廠掌刑千戶許強，繼續深挖“錢謙益謀逆案”及“登萊私鹽案”，務必將所有與此案有所牽連的東林、復社餘孽，以及那些在背後為其提供資金支持的士紳商賈，一網打盡，絕不姑息！

同時，他又任命了一位出人意料、卻也深思慮之後的人選——原山東濰縣知縣郭尚友，破格擢升為南京戶部侍郎，命其即刻赴任，負責整頓江南財稅、安地方民生、以及……協助推行即將到來的新政！

原先南京城的那些六部九卿員，除了數幾個平日里謹小慎微、從未與東林黨有所瓜葛的“邊緣人”被暫時留任，以維持衙門的日常運轉之外，其餘人等，皆被以各種名義，或遣散，或貶黜，或……直接投了詔獄之中，聽候發落。

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崇禎皇帝的這番鐵腕布局，其核心，便是要將整個南京城的“政”、“兵”、“錢”，都牢牢地掌控在自己最信任的人手中！

然而，這場在南京城掀起的、針對東林黨殘餘勢力的清洗風暴，其慘烈程度，卻也遠超所有人的想象！東廠、西廠、錦衛這三大特務機構，在皇帝的默許和授意之下，彷彿展開了一場“殺人競賽”一般！他們互相攀比，互相競爭，都想在這場“清剿逆黨”的行中，為自家衙門、也為自己，立下更大的“功勞”！

一時間，整個南京城，流河！每日里，都有數十甚至上百名被定為“東林餘孽”或“復社黨”的士子、員、商賈，被從家中拖出，或直接斬殺於街頭，或押那如同人間地獄般的廠衛詔獄，遭酷刑，求生不得，求死不能！

然而，讓崇禎皇帝到憤怒和……一無奈的是，即便他採取了如此酷烈的鎮手段，那些東林、復社的“餘孽”，卻依舊是……野火燒不盡，春風吹又生！

許多年輕的、深東林思想影響的士子們，在看到自己的師長、同窗慘遭屠戮之後，非但沒有被嚇倒，反而……被激起了更為強烈的“殉道”之心！他們前仆後繼，或撰寫文章，痛斥朝廷之暴行；或奔走串聯，試圖組織更大規模的“請願”和“抗爭”……這種如同後世“傳銷”組織一般頑固而又極煽的組織，讓崇禎皇帝對東林黨這個看似“鬆散”的政治集團，產生了前所未有的痛恨和……警惕！

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