吉爾·岡薩雷斯·德·阿維拉（Gil Gonzalez Dávila）帶着他自己的部下回到他以前在北海岸邊建造的聖吉爾·德·布埃納維斯塔鎮（San Gil de Buena Vista。今稱阿爾迪·布埃納維斯塔（Aldea Buena Vista）），然後阿維拉回墨西哥，準備親自向科爾特斯報告況。

此時，科爾特斯因好久沒得到卡薩斯的消息，認為肯定遇到了麻煩，就決定親征洪都拉斯。這次他帶了3000人馬，其中很多是阿茲特克人，包括阿茲特克的傀儡皇帝誇烏特莫克。因科爾特斯的遠征隊人員太多，就準備橫穿尤卡坦半島，前往洪都拉斯。途中，很多阿茲特克人死於飢、疾病。在渡過一條河流時，誇烏特莫克就與幾個酋長商量，準備殺了科爾特斯，然後返回墨西哥，召集大軍進攻留在城的西班牙人，重建阿茲特克帝國。誰知，有2個阿茲特克酋長竟然向科爾特斯告發了誇烏特莫克的計劃。隨後，科爾特斯死了誇烏特莫克和他的堂弟塔庫（Tabaku）。

科爾特斯死了誇烏特莫克後，率部繼續橫穿尤卡坦半島，經長途跋涉後，終於穿越了尤卡坦半島，來到了洪都拉斯北海岸的一個河口。他們在這裡遇到了阿維拉手下的來自古的士兵。這時，科爾特斯才知道奧利德已被死，卡薩斯已率部去征服洪都拉斯地區的印第安人部落了，阿維拉已回了墨西哥。

科爾特斯就率部來到了聖吉爾·德·布埃納維斯塔鎮，與阿維拉留在鎮的西班牙士兵回合。科爾特斯見聖吉爾·德·布埃納維斯塔鎮面向大海，毫無遮擋，並不適合於船隻進出港口，就下令放棄此鎮，去尋找新的合適地方建港。於是，科爾特斯率部水路並進，沿着北海岸向東，同時去尋找卡薩斯。他們來到烏盧阿河（Ulua River）流域時，科爾特斯發現這裡有很多印第安人部落，種植着大量玉米，能夠給他的部隊提供足夠的糧食，於是征服了當地的印第安人部落。科爾特斯考慮到烏盧阿河可以通航，就在距河口5公里的地方建造了“卡瓦略斯港”（Carvalhos）（歷史上，1869年洪都拉斯將卡瓦略斯港遷至海邊，改名“科爾特斯港”（Puerto Cortes），了洪都拉斯的第一大海港）。

卡瓦略斯港建後，科爾特斯令部將貢薩·德·桑多瓦爾（Gonzalo de Sandoval）率部走陸路向東進，自己走海路向東航行，去尋找卡薩斯。

桑多瓦爾向東進時，凡遇到不願臣服的印第安人部落，立即展開屠殺，很多印第安人部落酋長不得不宣布向他臣服，並願意向西班牙人提供食、奴。

科爾特斯沿着北海岸一路東行，發現了卡薩斯建造的特魯希略港。他登岸後，才知卡薩斯已回了墨西哥。

待桑多瓦爾到達特魯希略與科爾特斯匯合後，科爾特斯返回了墨西哥。留在特魯希略的桑多瓦爾率部殺向了洪都拉斯陸，征服了一個又一個印第安人部落。佔領了危地馬拉、薩爾瓦多的阿爾瓦拉多也率部從西邊殺了洪都拉斯境。洪都拉斯地區就這樣淪為了西班牙的民地。

西班牙民洪都拉斯後不久，就在特魯希略附近的河谷中發現了砂金礦。

嘉靖十五年（1536年），西班牙人在查梅萊孔河（Chamelekon River）谷地發現了砂金礦，於是建造了聖佩德羅蘇拉城（San Pedro Sula）。

嘉靖十六年（1537年），洪都拉斯印第安人首領萊姆皮拉領導3萬人舉行起義，反抗西班牙民者統治，起義軍與西班牙人進行了近3年的戰爭，終因武落後，全軍覆沒。

嘉靖十八年（1539年），西班牙人鎮0了萊姆皮拉領導的起義後，將洪都拉斯劃歸危地馬拉都督府管轄。

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