馬京達瑙的軍隊來到伊利甘時，正有一艘西班牙艦船靠岸巡視。這艘西班牙艦船在馬京達瑙的炮兵轟擊下，了碎片，漂浮在了伊利甘灣的水面上。

馬京達瑙軍隊隨後對伊利甘的“菲律賓人”開始了報復行，等他們離開伊利甘時，路旁的樹榦上都吊著“菲律賓人”的首，甚至還有嬰兒。馬京達瑙軍隊清理了伊利甘後，開始清理盧蓋特、納阿萬、伊尼陶、吉塔古姆等地的“菲律賓人”，然後來到卡加延·德奧羅。

卡加延·德奧羅位於伊利甘東54公里，常年駐守有西班牙人的2艘軍艦，這些軍艦定期地在保和海（今Bohol海，也稱薄荷海）沿岸巡視。當馬京達瑙的軍隊到達卡加延·德奧羅時，留在港口的1艘西班牙艦船一點防備都沒有。在馬京達瑙軍隊的炮擊下，那艘西班牙艦船沉了海底，爬上岸的西班牙士兵都被擊斃。

馬京達瑙軍隊隨後又對卡加延·德奧羅城的“菲律賓人”進行了報復。一個月後，馬京達瑙收復了棉蘭老島中北部沿海地區。

蘇祿國、馬京達瑙國聽說大明準備收復馬尼拉後，爭着向劉靜逸申請出兵，幫助大明國奪回呂宋島。經劉靜逸同意後，兩國各派出了1000名士兵，組“蘇馬聯軍”，坐上鐵軍的艦船來到了“菲律賓”。

在古希臘時期，地理學家托賚梅將“菲律賓群島”稱為“馬尼奧拉斯群島”。宋代，我國把“菲律賓群島”稱為“麻逸群島”。1521年麥哲倫到達“菲律賓群島”後，將它稱為“聖拉薩羅群島”，嘉靖二十一年（1542年），第四批西班牙遠征隊到達這裡後，司令維拉博斯為了尊崇當時的西班牙太子菲利普親王，就將這個群島命名為“菲律賓群島”。一開始，“菲律賓群島”僅僅指中北部的島嶼，如宿務島、班乃島、民都島、呂宋島，後來西班牙人把“菲律賓群島”擴展到南部的棉蘭老島、蘇祿群島，把臣服於西班牙的土著稱為“菲律賓人”，把不願臣服於他們的YSL教徒稱為“人”。

在明代以前，“菲律賓群島”各島嶼還沒有立幾個王國，生活在島上的土著大多過着部落的生活，這些部落被稱為“朗加”，一個“朗加”，的有100多人，多的有500多人，很有500人以上的部落。這些部落都是獵頭族，互相征伐，如有500人以上的大部落，都是征服了別的部落後才有的。

在中國人到達呂宋島前，土著人過着“度其、居野，追飛逐走”的原始生活。後來，隨着從中國大陸移民到呂宋島的漢人越來越多，他們胼手胝足，憑藉著烈山澤，驅猛，開山造田，並給土著人“教以耕種，教以建屋，輸種子家禽，布帛縷，教以收穫”，島上的土著人從漢人那裡學會了用水牛犁地，用豬糞做廄，用風車吹稻穀，用磨盤、石臼磨米、舂米，島上的農業才漸漸發展起來。這些土著對漢人都十分崇拜，“呂宋”在土著人的語言中就是“去稻穀皮的磨盤”之意。因此，呂宋島人的農耕方法與中國農民的耕種方法是一模一樣的，不僅連農（犁、耙、鋤、鐮刀等）是一樣的，連犁田、播種、秧、耙草、收割、堆稻草的方法也是一模一樣。

進明代後，隨着農業的發展，呂宋島及其周邊幾個島嶼的人口開始增長，甚至出現了2000人以上的大部落，甚至有些大部落聯合後立了王國，比如在呂宋島的中部林加延一帶立了馮加施蘭國，呂宋島東南部立了貓里務國，班乃島立了馬迪加亞斯國，民都島立了麻逸國。

永樂四年（1406年），馮加施蘭國王嘉馬銀率眾到大明朝貢，接大明皇帝的冊封。永樂八年（1410年），其國王玳瑁又率眾到大明朝貢。玳瑁去世後，中國人將林加延港稱為“玳瑁港”。

鄭和第一次下西洋路過呂宋島馬尼拉時，任命僑居在那裡的福建晉江商人許柴佬為呂宋島總督，也即馬尼拉一帶了大明國的直屬海外領地。許柴佬就任呂宋總督後，參照地的做法，設立了一整套治理機構。後來，呂宋島東南部的貓里務國、班乃島的馬迪加亞斯國、民都島的麻逸國就參照許柴佬的做法，立了一套國家治理機構。可惜，許柴佬去世後，大明沒有任命新的總督，馬尼拉一帶就了大明的藩屬國——呂宋國（也稱馬尼拉王國）。大明閉關鎖國後，馮加施蘭國、呂宋國、麻逸國了文萊國的屬國，不過，呂宋島東南部的貓里務國和班乃島的馬迪加亞斯國還是獨立王國。到了16世紀下半葉，呂宋國曾是呂宋島上極為強盛的王國，島上各小城邦都在他的控制之下。西班牙人侵呂宋島時，馬尼拉王公蘇萊曼（Sulayman）親自挂帥與西班牙人戰鬥。可惜的是，在隆慶五年（1571年），蘇萊曼在一次海戰中陣亡，呂宋島逐步被西班牙人佔領。