二十四日，曾國藩急上奏閩賊竄江西、軍收復安仁縣的奏摺。隨折保舉道員張運蘭、知府王文瑞二人，並為陣亡千總周玉田請恤。另附片為陣亡知縣劉本傑請恤。又附片奏請朝廷敕令四川總督每月籌撥銀二萬兩，經湖北轉運至軍營。再附片奏報同知胡兼善在營中病故，請求恤。

二十七日，曾國藩率軍開赴雲際關。二十九日，部隊抵達雙港時接到警報，便就地駐紮。福建境的賊軍分兵大回竄新城縣，吉安殘餘匪軍攻陷崇仁、宜黃兩縣，州、建昌兩府形勢張。曾國藩調派張運蘭部進軍圍剿新城賊軍，同時改變行軍路線，向南急赴建昌。

九月初二日，李元度請假返回原籍。

劉長佑率軍在新城迎擊賊軍，大獲全勝。賊軍敗退回福建境，盤踞崇仁、宜黃的賊匪也逃竄閩。

初七日，曾國藩率軍抵達金谿，聽聞新城大捷的消息。初九日，部隊到達建昌府，在城外駐紮。劉長佑前來拜見曾國藩。

曾國藩登上麻姑山，全面考察建昌的地形地勢，研究高低遠近的攻守路線。他下令深挖壕、加固營壘，派軍和士兵嚴把守營門，並每晚親自巡查。專門委派人員負責打更報時，確保晨昏時刻準確無誤。又派員巡查營壘周圍數里範圍，嚴厲止賭博和吸食片的場所。發布告示曉諭兵，嚴強行徵用民夫或價強買貨。每天傳見三名哨長，考察他們的才能和表現，暗中記錄在冊。

十三日，曾國藩急上奏，報告移師建昌及籌劃州、建昌各府防剿事宜，計劃從杉關進福建剿滅賊軍。隨奏附片請求頒發捐生紀以等人執照。

蕭啟江休假期滿返回江西，抵達建昌大營。曾國藩調派張運蘭部從杉關進軍剿賊，蕭啟江部由廣昌進剿，並派遣吳國佐部作為後路策應。當時福建境賊軍氣焰正盛，當地員和士紳接連發來書信，催促曾國藩火速增援。然而山路崎嶇難行，又逢連日雨，軍中疫病流行，部隊無法快速推進。

曾國藩的弟弟曾國荃攻克吉安後，將所部兵勇遣散回湖南。其統領的湖南援軍各營也陸續撤回湖南境。曾國荃親自率領一千名兵勇前往建昌投奔曾國藩，於二十六日抵達大營。曾國藩將其兵勇編為親兵，稱為護衛軍。對營、哨長，每日也傳見數人，考察其才能，擇優獎勵提拔。曾國荃在營中停留十餘日。李鴻章從廬州應調前來大營。曾國藩核定在營委員、夫役等人的薪水口糧章程，並核查火規格，包括火炮、抬槍、鳥槍等武的彈藥消耗數量及重量，製表格記錄。

十月十一日，曾國藩的弟弟曾國荃啟程返回湖南，曾國藩親自送行，並囑咐他在家督促子弟讀書。

十六日，曾國藩上奏摺保舉在玉山、廣守城戰役中表現突出的文武員，並附名單請求嘉獎。同時急奏報調派軍分路進福建的況，陳述當前軍事部署進展。另在附片中奏報：軍中疫病肆，前所未見。張運蘭、蕭啟江、吳國佐等部上報病員多則千餘人，則數百人，臣實不忍心催促他們繼續進軍。劉長佑部因長期勞累過度，染病者尤其眾多，請求調往州休整治療。

接到皇帝諭旨：“曾國藩所奏辦理軍務形，朕亦不遙加干預。該侍郎應督率將士，審時度勢進剿。探明何有賊，即從何進兵，務求迅速殲滅逆匪。至於建昌等地疫病流行，各營兵勇現多染病，着該侍郎妥善安，使其儘快康復調治，不得延誤軍事行。欽此。”

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