在蒙古諸部聚居區，青海辦事大臣推行“盟旗制度”，將青海蒙古諸部分為二十九旗，每旗設札薩克一人，由清廷冊封，旗與旗之間劃定邊界，嚴相互攻伐、兼并。同時，設立“蒙古盟會”，每年由青海辦事大臣召集各旗札薩克，商議青海蒙古事務，傳達清廷政令，加強各旗之間的聯繫與合作。

額爾德尼郡王的部落，被劃分為和碩特前旗，他仍擔任札薩克。在清廷的治理下，部落百姓無需再參與叛，安心從事畜牧業生產，生活逐漸好轉。額爾德尼慨道：“以前，我們相互攻伐，百姓流離失所；如今，有朝廷管轄，各旗和平相，百姓安居樂業，我終於明白，設府置廳，是朝廷的恩典啊！”

對於藏族聚居區，清廷採取“府衛分治”的策略。在藏族人口較多的貴德、循化等地，設立貴德衛、循化廳，委派流治理，同時保留藏族部落頭人的權力，讓其協助流管理部落事務。青海辦事大臣定期派遣員，前往藏族部落，宣傳清廷的民族政策，傳授漢族先進的農業生產技，幫助藏族百姓開墾荒地、興修水利，提高糧食產量。

塔爾寺作為青海最大的藏傳佛教寺廟，清廷予以重點保護。年羹堯下令，撥款修繕塔爾寺，賞賜活佛大量金銀、綢緞，同時規定，塔爾寺的僧人數量不得超過三千人，僧人需登記造冊，接府管理，不得干預政務、私藏武。活佛為報答清廷恩典，親自宣講清廷的善政，勸說藏族百姓服從府管轄，促進了民族融合。

為了加強邊防建設，清廷在青海邊境地區設立了一系列衛所和驛站。大通衛、安西衛等衛所，駐紮清軍，負責防守邊境，防止準噶爾部侵；從西寧到青海湖、柴達木盆地等地，設立了數十個驛站，一方面傳遞公文、軍報，另一方面為往來員、商旅提供便利，促進了青海與地的聯繫與流。

同時，清廷在青海推行屯田政策。年羹堯組織清軍士兵與地移民，在西寧周邊、大通河畔等地，開墾荒地數萬畝，種植小麥、青稞等糧食作。屯田士兵實行“兵農結合”，平時耕種，戰時出征，既解決了清軍的糧草供應問題，又促進了青海農業的發展。地移民帶來了先進的農業生產技，與蒙古、藏族百姓相互學習，共同發展，推了青海經濟的繁榮。

雍正三年，年羹堯因居功自傲被革職，岳鍾琪接任川陝總督，兼管青海事務。岳鍾琪繼承了年羹堯的治理方略，進一步完善青海的行政制度，加強對蒙古、藏族部落的管理，同時加大對青海經濟文化的建設力度。他下令，在西寧設立書院，聘請漢族文人任教，教授漢文化，鼓勵蒙古、藏族子弟學讀書，培養了一批悉漢文化的民族人才；在青海各地開設集市，促進青海與地的貿易往來，食鹽、茶葉、綢等商品在青海廣泛流通，帶了青海手工業和商業的發展。

然而，青海的治理並非一帆風順。雍正四年，青海西部的藏族部落首領察罕諾門汗，因不滿清廷的管轄，暗中勾結準噶爾部，發叛，圍攻循化廳。岳鍾琪得知消息後，立刻調集清軍，前往平叛。他採取“速戰速決”的策略，迅速擊潰叛軍，活捉察罕諾門汗，將其押解至京，依法置。

平定叛後，岳鍾琪進一步加強對青海西部的管轄，設立茫崖衛，委派流治理，同時安被迫從叛的藏族百姓，歸還其財產，減免賦稅，讓青海西部的局勢迅速穩定下來。此後，青海各地雖偶有小規模的，但均被清廷迅速平定，再也沒有發生大規模的叛。

到雍正末年，青海的行政系已趨於完善，西寧府下轄三縣四衛，青海辦事大臣統籌全局，蒙古盟旗、藏族部落各司其職，政令暢通，民心安定。青海的經濟得到了快速發展，農業、畜牧業、手工業、商業齊頭並進，各族百姓安居樂業，民族融合達到了前所未有的高度。青海不再是“叛之地”，而是為西北邊疆的穩定屏障，為大清領土不可分割的重要組部分。

乾隆帝繼位後，繼續加強對青海的管轄，將青海辦事大臣改為青海總督，進一步擴大西寧府的管轄範圍，完善盟旗制度和民族政策。在清廷的持續治理下，青海迎來了長期的穩定與繁榮，為康乾盛世時期西北邊疆治理的典範。

回雍正朝對青海的治理，設府置廳、推行流制度，是其中最關鍵的舉措。它徹底改變了青海長期以來“自治不治”的局面，將青海納中央政府的直接管轄版圖，維護了國家的統一和領土完整；懷施治、尊重民族習俗的政策，贏得了各族百姓的信任與支持，促進了民族融合；發展經濟、加強邊防的舉措，鞏固了青海的穩定，為西北邊疆的安全奠定了堅實基礎。

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