滇東北平定後，鄂爾泰將目投向了貴州的苗族地區。貴州古州、台拱的苗族土司，世代盤踞苗嶺群峰，憑藉險峻的地形，屢起叛，是貴州治理的一大難題。此前，朝廷多次派兵鎮，均因不悉苗族習俗、不了解地形而失敗。鄂爾泰吸取以往的教訓，制定了“剿兼用、以為主”的策略。

他首先派人前往古州、台拱等地，聯絡苗族中的開明人士，宣傳改土歸流的好，勸誡苗族土司主歸順。同時，他下令清軍進駐苗族地區周邊，形軍事威懾，對頑固抵抗的土司形力。然而，古州土司楊昌明，自恃兵力強盛，又有周邊苗族部落的支持，拒不歸順，還聯合台拱、清江等地的土司，發大規模叛，圍攻清軍駐地。

鄂爾泰見狀，不再猶豫，調集滇黔清軍，兵分五路，進攻古州、台拱等地。此次出兵，鄂爾泰嚴令清軍：“苗族百姓多土司蠱，並非真心叛，嚴濫殺無辜，對放下武的百姓，一律予以安；只針對頑固抵抗的土司及其親信，不得牽連百姓。”

清軍進軍途中，嚴格遵守鄂爾泰的命令，不侵擾苗族村寨，不劫掠百姓財。不苗族百姓見清軍紀律嚴明，並非像土司所說的“燒殺搶掠”，紛紛主向清軍提供報，甚至幫助清軍引路。在苗族百姓的幫助下，清軍順利突破苗嶺天險，對叛土司發起猛攻。

楊昌明的叛軍雖勇猛，卻缺乏統一指揮，又失去了百姓的支持，很快便潰不軍。清軍一舉攻破古州土司府，楊昌明被活捉。平定古州叛後，鄂爾泰乘勝追擊，先後平定了台拱、清江等地的土司叛。此後，他在貴州設立八寨、丹江、都江、清江等六廳，委派流治理，同時推行漢化政策，開設學堂，傳授農業生產技，減免賦稅，安苗族百姓，讓貴州的局勢逐漸穩定下來。

在經略雲貴的過程中，鄂爾泰深知，西南地區民族眾多，民風各異，若一味推行漢化，強行改變數民族的習俗，必然會引發新的矛盾。因此，他在推行改土歸流、傳播漢文化的同時，也尊重數民族的習俗和信仰。他下令，止員歧視、欺數民族百姓，允許數民族保留自己的語言、習俗和宗教信仰；對數民族的傳統節日，予以支持和保護；在理民族矛盾時，採取“就地調解”的方式，邀請數民族的長老、首領參與調解，尊重數民族的意願，讓各族百姓能夠和睦相。

此外，鄂爾泰還十分重視西南邊疆的邊防建設。雲貴地區與緬甸、越南接壤，邊境線漫長，歷來是外來勢力侵的重要通道。為了加強邊防，鄂爾泰下令，在邊境地區修築城池、堡壘，派遣清軍駐守；同時，加強與緬甸、越南的外往來，劃定邊境線，簽訂友好盟約，嚴雙方勢力越境侵擾；此外，他還在邊境地區設立集市，促進邊境貿易的發展，增進中國與緬甸、越南的經濟文化流，以貿易促和平，以流固邊防。

在鄂爾泰的苦心經營下，雲貴地區的局勢發生了本的轉變。昔日的土司割據之地，如今政令暢通；流離失所的百姓，如今安居樂業；尖銳的民族矛盾，如今逐漸緩和；不安的邊疆，如今固若金湯。改土歸流在雲貴地區全面推行，先後廢除土司百餘，設立府、廳、州、縣數十個，流制度全面確立，中央政府對雲貴地區的管轄得到了空前加強。

經濟方面，雲貴地區的農業、手工業、商業得到了快速發展。鄂爾泰組織百姓興修水利，開墾荒地，推廣漢族先進的農業生產技，讓雲貴地區的糧食產量大幅提高，百姓再也不用為吃飯發愁；開設集市，促進了雲貴地區與地的經濟流，食鹽、茶葉、綢等商品在雲貴地區廣泛流通；手工業也逐漸興起，苗族的銀、彝族的刺繡等特產，不僅在國暢銷，還通過邊境貿易傳緬甸、越南等地。

文化方面，雲貴地區的教育事業得到了長足發展。鄂爾泰在雲貴各地開設學堂，聘請漢族文人任教，教授漢文化，越來越多的數民族子弟走進學堂，學習儒家經典，不人還通過科舉考試進仕途，為連接漢族與數民族的橋樑。同時，漢族的詩詞、書法、繪畫等文化藝傳數民族地區，數民族的文化也傳地，促進了各民族之間的文化融合。

雍正十年，鄂爾泰經略雲貴已有六年。此時的雲貴，社會穩定，經濟繁榮，民族和睦，邊防鞏固，為西南邊疆的一片樂土。雍正帝得知雲貴的變化後，龍大悅，下旨將鄂爾泰召回京城，任命為軍機大臣，輔佐自己理軍國大政。臨行之際，雲貴各族百姓紛紛湧上街頭，手持錦旗、鮮花，為鄂爾泰送行。百姓們痛哭流涕，依依不捨：“鄂大人，您是我們的再生父母，我們永遠忘不了您的恩！”

鄂爾泰着前來送行的百姓，心中慨萬千。他躬行禮，聲音哽咽：“諸位鄉親，我鄂爾泰只是做了自己該做的事。雲貴的安定，是皇上的聖明，是諸位鄉親的支持，更是各位將士、員的努力。我走之後，定會囑咐繼任者，繼續善待百姓，治理好雲貴，讓大家過上更好的日子。”

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