不久，一代名將陶侃出鎮荊州。這位以“惜分”聞名的刺史，同樣將農業生產置於重要地位。史載陶侃“勤務稼穡，雖戎陳武士皆勸厲之。是以軍民勤於農稼”。在他的倡導與督促下，即便是軍營中的武士，也都積極投於農耕。

其結果是，荊州地區“百姓勤於農”，呈現出軍民並耕、共同發展的繁榮景象，軍屯與民屯相互促進，使得荊州的經濟實力與軍事實力都得到了顯着增強，為東晉在長江中游的堅固屏障。

晉帝時期，北伐的呼聲再起。荊州刺史庾翼肩負重任，率領四萬大軍從武昌移鎮襄，積極準備北伐。他深知糧草為三軍之命，遂命其子庾方在襄“繕修軍，大佃積穀”，大規模地開展軍屯，積蓄糧食。襄一帶的軍屯，不僅為庾翼的北伐之師提供了堅實的質基礎，也進一步鞏固了東晉在漢水流域的統治。

歲月不居，時節如流。晉穆帝永和年間，北伐的號角再次吹響。朝廷任命殷浩為中軍將軍，都督揚、豫、徐、兗、青五州軍事，主持北伐事宜。殷浩積極響應，“開長江以西醪田千餘頃，以為軍儲”。所謂“醪田”，便是焚燒野草，開墾荒地。為了籌措軍糧，殷浩不辭辛勞，“沐雨櫛風，廣開屯田”，其艱辛可見一斑。

與此同時，他還命令部將荀羨率軍“北鎮淮，屯田於東之石鱉”（今江蘇金湖、寶應一帶）。石鱉地區水源充足，土地沃，荀羨在此大力興修水利，推廣屯田，績斐然，為東線的北伐軍提供了有力的後勤保障。

至晉孝武帝時期，北方形勢劇變，前秦苻堅在王猛的輔佐下，已基本統一了北方，國力日盛，對偏安江南的東晉虎視眈眈。時任荊州刺史的桓沖，深苻堅南下的威脅迫在眉睫。為了加強長江中游的防，他將荊州治所從江陵移鎮上明（今湖北松滋西北），並下令麾下士卒在長江北岸積極開展屯田。

北岸的屯田，不僅是為了生產糧食，更有重要的戰略預警意義，一旦前秦大軍南下，屯田的士卒可以就地組織防，為後方爭取寶貴的時間。

東晉末年，權臣劉裕（即後來的宋武帝）執掌朝政。他目睹了當時屯田制度中可能存在的一些弊端，為了整頓吏治，增加軍國收，下令“州郡縣屯田池塞，諸非軍國所資，利守宰者，今一切除之”。

這道詔令的核心在於釐清屯田的質與收益歸屬，將那些並非為軍國所需，而是被地方守宰（即地方）中飽私囊的屯田及池塘、邊塞之利，全部予以廢除。這從一個側面反映出，到東晉末年，除了荊州等傳統屯田區外，其他州郡縣的屯田數量亦不在數，只是其中可能混雜了一些以權謀私的灰地帶。劉裕此令，意在純潔屯田制度，使其回歸“軍國所資”的本質，確保國家能夠有效地掌控和利用這些重要的經濟資源，為他後來的北伐和代晉建宋積累了雄厚的質基礎。

東晉一朝，自元帝至末帝，歷時百有餘年，其間軍屯事業雖時有興廢，規模亦有大小，但總而言，始終是朝廷倚重的重要經濟政策和軍事策略。從長江上游的益州，到中游的荊州、襄，再到下游的江淮、淮、石鱉，乃至黃河以南祖逖收復的故土，軍屯的影無不在。

它不僅在很大程度上解決了東晉軍隊的糧食供應問題，支持了多次北伐行，更在客觀上促進了南方地區的土地開發、人口增長和農業技的進步，為中國經濟重心的南移奠定了初步的基礎。這些散布在大江南北的軍屯據點，如同一個個堅固的堡壘，以其產出的糧食和培育的兵員，共同構築起了東晉王朝的經濟長城，使其在風雨飄搖中得以存續，並為中華文化的薪火相傳做出了不可磨滅的貢獻。