李軒消滅鄭芝龍後，消息傳到熊文燦那裡。李軒消滅鄭芝龍時，熊文燦正擔任福建巡。

鄭芝龍被李軒消滅，而且連鄭芝龍的老家都被李軒抄了，抄鄭芝龍的家，那要有多財產呀。你李軒竟然一點也不給我。叔可忍嬸不可忍。

所以熊文燦決定上奏朝廷，彈劾李軒無旨擅自攻擊同僚，有謀逆造反之嫌。

於是熊文燦洋洋洒洒寫了一篇錦繡文章，一是彈劾李軒越境攻擊朝廷的海防游擊將軍鄭芝龍，第二私自扣押朝廷命並搶劫朝廷員家產。

彈劾書發出去後，很快到了通政司，通政司轉呈閣，閣首輔周延儒一看又是彈劾李軒的，頓時心中大喜，於是馬上票擬意見後，馬上轉給文書房，文書房的太監將熊文燦的彈劾奏章，連同其他需要崇禎帝批閱的，一起轉呈皇上覽批紅。

崇禎皇帝一看是熊文燦彈劾遷安參將李軒的就不冒，心說:“你們文能不能不要抓住一個我相中的武將，去拚命的兌，好不好。”

再一看，原來鄭芝龍讓李軒給滅了。滅了好呀。這傢伙自從詔安當了海防游擊將軍，就聽宣不聽調，還是海盜惡習。人家李軒孬好還來北京勤王過那。

於是批示讓李軒對奏摺所屬之事做出解釋。

李軒讓王亞寫出答辯狀。王亞列出鄭芝龍十大罪狀，並讓許多江手和俘虜按手印。寫出了鄭芝龍在干海盜期間殺害多朝廷命，搶劫多朝廷財產，這些財產都被鄭芝龍揮霍。還有殺了多無辜平民。

一樁樁一件件，無不出驚天大案。最後王亞對李軒說:“主公，既然大家都知道我們剿滅了鄭芝龍，不如我們把鄭芝龍和鄭芝虎給朝廷，現在他倆在我們手上已經事肋，如果給朝廷，朝廷可以殺駭猴”

李軒想了想，說到:“可以，另外為了我們有一個穩定的外部環境，不如這次我們給崇禎一百萬兩銀子，算是花錢買個好的外部環境。

我們下一步攻佔台灣，剿滅劉香，攻佔東南亞，還有和西班牙和荷蘭要決一雌雄，沒有穩定的外部環境，會分去我們太多的力”

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