隨着朱慈烺在南京紮，以及前親軍的數量不斷擴大，統軍都督府這個用來越過閣兵部，直接領導軍隊的簡易機構，也在崇禎十八年到來之後，逐漸地走向正規化。

如今，統軍都督府設大都督一位，掌都督府院事。

又設左右都督，負責協理大都督，掌統軍都督府事。

其下，設六司，六司各設一職，稱司馬。

分為兵將司，甲械司，糧秣司，軍法司，贊畫司，軍馬司。

兵將司掌練兵選將之責，如今由王家彥掌，無論是練兵，還是軍校，皆下屬於兵將司，甲械司負責裝備，由襄城伯李國楨掌，至於，糧秣司則負責後勤轉運糧草，分發軍需，餉銀，發放賞賜，現在是由朱慈烺的心腹太監劉大用掌。

軍法司負責的是軍中法紀，這一件事，朱慈烺把他給了張家玉。

贊畫司是就是參謀部，由黑雲龍掌，黑雲龍年齡大了，征戰沙場是不行了，但出出主意還是不錯的，而且，隨着一批有正規教育的軍校學生畢業，朱慈烺的參贊軍務人員，也不用由那些個沒軍事經驗的文來擔任了。

至於軍馬司。

這個司是朱慈烺新添上來的。

主要問題是，在未來三百年，戰場上面，戰馬仍然是相當重要的存在，所以，軍馬是格外的重要的，於是乎，在年節剛過，在統軍都督府的正規化的過程中，在朱慈烺的建議下，加了軍馬司，負責養馬。

而這個軍馬司的設立，也宣布，大明朝自太祖皇帝朱元璋始，建立起來的馬政系統，徹底地退出了時代！

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