陳友諒進犯龍灣，太祖率領軍隊抵，馬皇後把宮中所有金銀織品都拿出來犒勞士兵。

曾經對太祖說，平定天下應當以不殺人為本，太祖認為說得很對。

洪武元年正月，太祖登基稱帝，冊封馬氏為皇後。

當初，馬皇後跟隨皇帝在軍中，遇到年嚴重歉收，皇帝又被郭子興猜疑，曾經缺食。馬皇後烙好餅，揣在懷裡送給皇帝，口的都被燙焦。平時常常儲存乾糧、乾，早晚供給皇帝，從來沒有斷絕，而自己卻經常吃不飽。

等到富貴之後，皇帝把比作東漢武帝時的“蕪蔞豆粥”、“滹沱麥飯”那樣患難相助的人，常常對群臣講述皇後的賢德，把比作唐代的長孫皇後。

皇帝退朝後對皇後說：我聽說古代君臣之間相融洽，容易產生嫌隙，夫婦之間相融洽，更加難得。我在患難之中時，你能與我同甘共苦，如今富貴了，你可不能懈怠呀。

皇後說：我聽說夫婦之間互相保全容易，君臣之間互相保全困難。陛下不忘記我與您同過貧賤，希您也不要忘記與群臣共過艱難。而且我怎麼敢比擬長孫皇後呢。

皇帝在前殿理政事，有時非常憤怒，馬皇後等皇帝回到宮中，就據事委婉勸諫。雖然皇帝格嚴厲，但是因為而減緩刑罰、減殺戮的況有很多次。

參軍郭景祥鎮守和州，有人說他的兒子拿着長矛想殺父親，皇帝要殺掉這個兒子。皇後說：郭景祥只有這一個兒子，別人的話或許不真實，殺了他恐怕斷絕郭景祥的後代。皇帝查訪核實，果然是冤枉的。

李文忠鎮守嚴州，楊憲誣陷他不遵守法度，皇帝想把他召回。皇後說：嚴州靠近敵境，輕易更換將領不合適。而且李文忠一向賢明，楊憲的話怎麼可以相信？皇帝於是作罷。李文忠後來最終立下大功。

學士宋濂因為孫子宋慎犯罪牽連，被逮捕到京城，判死刑。皇後勸諫說：普通百姓家為子弟聘請老師，尚且自始至終以禮相待，何況天子呢？而且宋濂住在老家，一定不知。皇帝不聽。

恰逢皇後侍奉皇帝吃飯，不喝酒、不吃。皇帝問原因。皇後回答：我為宋先生做祈福之事。皇帝心中悲傷，放下筷子起。第二天赦免了宋濂，將他安置到茂州。

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